结论前置：合同上写加班工资按基本工资计算，这一做法是否合法需分情况讨论，但在大多数情况下，仅按基本工资计算加班工资是不合法的。

法律规定与依据

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位在安排劳动者延长工作时间、休息日工作且不能补休、以及法定休假日工作时，需支付高于正常工作时间工资的工资报酬，具体标准分别为不低于工资的150%、200%和300%。这里的“工资”并非仅指基本工资，而是应包含劳动者正常劳动应得的全部工资，包括基本工资、绩效工资、奖金、津贴等货币性收入。

加班费计算基数的确定原则

1. 劳动合同优先原则：

   • 如果劳动合同中明确约定了工资数额及加班费的计算基数，且该基数不低于当地最低工资标准，那么应按照合同约定执行。但这里的“工资数额”应理解为劳动者正常劳动应得的全部工资，而非仅指基本工资。
   • 若劳动合同中的工资项目细分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，则应将各项工资的总和作为加班费的计算基数。

2. 实际工资原则：

   • 在劳动合同未明确约定工资数额或约定不明确的情况下，应以劳动者的实际工资作为加班费的计算基数。实际工资包括用人单位直接支付给劳动者的工资、奖金、津贴、补贴等（但不含加班费、伙食补助和劳动保护补贴）。

3. 最低工资标准保障原则：

   • 无论采用何种方式确定加班费的计算基数，该基数均不得低于当地最低工资标准。这是法律对劳动者工资权益的最低保障。

特殊情况说明

• 合同明确约定且合法：如果劳动合同中明确约定加班费计算基数为基本工资，且该约定不低于当地最低工资标准，同时劳动者在签订合同时对此无异议，那么这种约定在法律上是有效且合法的。但在实际操作中，这种情况较为罕见，因为大多数劳动者的工资构成都包含除基本工资外的其他收入部分。
• 合同约定不合法或不明确：如果用人单位仅以基本工资作为衡量加班工资的标准，而未考虑其他货币性收入，或者劳动合同中未明确约定加班费的计算基数，那么这种行为通常是不合法的。劳动者有权要求用人单位按照法律规定调整并补发加班费。

劳动者权益保护建议

• 审查劳动合同：劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同中关于工资及加班费的条款，确保自己的权益得到充分保障。
• 保留证据：劳动者应保留好与工资、加班相关的证据，如工资条、考勤记录等，以便在发生争议时能够证明自己的主张。
• 协商与投诉：如发现用人单位计算加班费方式不合法，劳动者应首先与用人单位协商解决。协商不成的情况下，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

加班费计算公式（示例）

假设劳动者的月工资为5000元（其中基本工资3000元，绩效工资2000元），加班小时数为10小时（工作日加班），则加班费计算如下：

• 工作日加班费：\(5000元 \div 21.75天 \div 8小时 \times 10小时 \times 1.5倍 \approx 431.03元\)

（若仅按基本工资计算，则为\(3000元 \div 21.75天 \div 8小时 \times 10小时 \times 1.5倍 \approx 258.62元\)，显然低于按实际工资计算的结果）

综上所述，合同上写加班工资按基本工资计算是否合法需分情况讨论。在大多数情况下，仅按基本工资计算加班工资是不合法的。劳动者应了解自己的权益并采取相应的保护措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。