公司停止经营时，长期劳动合同的处理需分情况讨论，核心结论如下：

1. 公司依法清算注销
   根据《劳动合同法》第44条，用人单位被依法宣告破产、被吊销营业执照或决定提前解散的，劳动合同终止。此时公司需向员工支付经济补偿金，标准为：

   • 补偿基数：员工离职前12个月平均工资（含奖金、津贴等货币性收入，但加班费、福利费不计入）；
     
   • 补偿年限：每工作满1年支付1个月工资，6个月以上不满1年按1年计算，不满6个月支付半个月工资。
     例如：员工月工资1万元，工作5年3个月，应得补偿金为5.5万元。

2. 公司未清算直接“跑路”
   若公司未履行清算程序即停止经营，员工可采取以下措施：

   • 申请劳动仲裁：以公司为被申请人，要求支付拖欠工资、经济补偿金及未签书面劳动合同的双倍工资差额（如有）；
     
   • 追加股东责任：若公司财产不足以清偿债务，可依据《公司法》第20条，主张股东滥用权利逃避债务的，需对公司债务承担连带责任；
     
   • 申请破产债权：若公司进入破产程序，员工工资及补偿金属于优先清偿的“职工债权”，优先于普通债权受偿。

3. 公司被收购或重组
   根据《劳动合同法》第34条，用人单位发生合并、分立等情形的，原劳动合同继续有效，由承继其权利义务的用人单位继续履行。此时员工无需担心合同终止，但需关注新公司是否调整薪酬、岗位等条款，若单方降薪降职可主张违法解除。

特别提醒：

• 员工应第一时间固定证据：劳动合同、工资流水、考勤记录、公司停止经营公告等；
  
• 若公司拒不支付补偿，可向当地劳动监察大队投诉或直接申请仲裁，时效为1年；
  
• 涉及外资、上市公司或复杂股权结构的案件，建议同步委托律师调查公司财产线索，避免执行困难。
  

如有具体案情或证据材料，可进一步向我说明，我会结合细节提供更精准的方案。