结论：在建设工程合同纠纷中，若双方已明确约定商事仲裁条款，则该纠纷不受专属管辖的限制，法院无权管辖，双方需依约申请仲裁。

1. 仲裁协议的法律效力

根据《中华人民共和国仲裁法》第五条，当事人达成有效仲裁协议后，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这意味着，一旦双方在建设工程合同中约定了有效的仲裁条款，就排除了法院的管辖权，纠纷需通过仲裁解决。

仲裁协议需满足以下条件：

• 书面形式：仲裁条款必须以书面形式存在，可以是合同中的一部分，也可以是单独的仲裁协议。
• 明确仲裁意愿及机构：仲裁条款中需明确表达双方愿意通过仲裁解决纠纷的意愿，并指定具体的仲裁机构。
• 主体适格：签订仲裁协议的双方需具备民事行为能力，能够独立承担民事责任。

示例：某建筑公司与开发商在合同中约定“因本合同产生的争议提交北京仲裁委员会仲裁”。在此情况下，若发生工程款纠纷，双方需依约申请仲裁，法院无权管辖。

2. 专属管辖的适用范围及与仲裁的关系

《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条规定的专属管辖情形主要包括不动产纠纷、港口作业纠纷和继承遗产纠纷。建设工程合同纠纷并不属于法定专属管辖的范围，因此，当事人可以自由约定仲裁作为解决纠纷的方式。

仲裁与专属管辖的关系可以归纳为以下几点：

• 非专属管辖领域：在建设工程合同纠纷等非专属管辖领域，当事人可以自由选择仲裁或诉讼作为解决纠纷的方式。
• 仲裁的优先性：一旦双方约定了仲裁条款，且该条款有效，则仲裁具有优先性，法院无权管辖。
• 罕见例外：若纠纷涉及不动产权利确认等可能受专属管辖限制的情形（如施工导致土地权属变更），但此类情况在建设工程合同纠纷中极为罕见。

3. 仲裁条款的拟定要点及注意事项

拟定仲裁条款时，需注意以下几点：

• 明确仲裁机构名称：避免使用模糊表述，如“提交当地仲裁委员会”，这可能导致仲裁协议无效。应明确指定具体的仲裁机构名称。
• 可约定仲裁规则：双方可以约定适用特定的仲裁规则，如《联合国国际贸易法委员会仲裁规则》等。
• 多方合同中的仲裁协议：在多方合同中，需确保所有当事人均签署仲裁协议，否则可能导致仲裁协议对部分当事人无效。
• 涉外合同的法律适用：若合同涉及涉外因素，需关注仲裁地法律适用及执行问题，以确保仲裁裁决的效力。

4. 仲裁与诉讼的选择策略

在选择仲裁还是诉讼作为解决纠纷的方式时，需考虑以下因素：

• 效率：仲裁程序相对灵活，周期较短；而诉讼可能经历一审、二审等程序，耗时较长。
• 成本：仲裁费用可能较高，但双方可以协商分担比例；诉讼费用相对较低，但律师费等可能更高。
• 执行力：国内仲裁裁决具有较强的可执行性；法院判决则直接强制执行。
• 保密性：仲裁严格保密，不公开审理；诉讼则公开审理（除涉密案件外）。

建议：在建设工程合同纠纷中，若双方希望快速解决争议并保护商业信息，可以优先选择仲裁；若对方资信较差或需财产保全等措施，则可以考虑诉讼。

5. 常见问题解答

Q1：仲裁条款是否必须单独签订？ A：无需单独签订。仲裁条款可以作为主合同的一部分存在，但需确保条款完整且经各方签字盖章。

Q2：仲裁裁决能否上诉？ A：不能。仲裁裁决具有终局性，一旦作出即生效。若存在程序违法等情形，可以向仲裁委所在地中级人民法院申请撤销裁决。

Q3：未约定仲裁机构时仲裁协议是否有效？ A：通常无效。若仲裁条款中仅约定“提交仲裁”而未明确指定仲裁机构，可能被法院认定为约定不明而无效。

总结与建议：在建设工程合同纠纷中，若双方希望排除法院的管辖权并选择仲裁作为解决纠纷的方式，需在合同中明确约定有效的仲裁条款。同时，在拟定仲裁条款时需严谨细致，避免歧义和漏洞。若发生纠纷后，双方应按约定程序及时主张权利并固定证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。