结论：建设工程施工合同纠纷在一般情况下不适用专属管辖来排除仲裁协议，但在特定情况下，如双方无有效仲裁协议或仲裁协议被认定无效时，可能涉及专属管辖的问题。不过，若双方存在有效的仲裁协议，则应通过仲裁解决纠纷，而非诉讼，此时专属管辖不适用。

分析：

1. 专属管辖的适用范围：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，专属管辖主要适用于因不动产纠纷、港口作业纠纷以及继承遗产纠纷提起的诉讼。其中，与建设工程施工合同纠纷可能相关的是不动产纠纷。
   • 然而，不动产纠纷通常指的是因不动产的权利确认、分割、相邻关系等引起的物权纠纷，而建设工程施工合同纠纷主要涉及的是合同履行过程中的债权债务关系，如工程款支付、工程质量等，并不直接涉及不动产物权的确认或变动。

2. 仲裁协议的效力：

   • 如果建设工程施工合同的双方当事人在合同中明确约定了仲裁条款，即双方同意将因合同产生的争议提交仲裁解决，那么这一仲裁协议是具有法律效力的。
   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》和《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，有效的仲裁协议可以排除法院的管辖权，即双方应通过仲裁解决争议，而非诉讼。

3. 建设工程施工合同纠纷的管辖原则：

   • 在没有有效仲裁协议的情况下，建设工程施工合同纠纷通常按照一般合同纠纷的管辖原则处理，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。
   • 但如果双方存在有效的仲裁协议，则应按照协议约定提交仲裁解决，此时不再适用诉讼管辖原则，包括专属管辖。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果仲裁协议被认定无效或不存在有效的仲裁协议，且纠纷涉及不动产的特定方面（如工程质量问题导致不动产损坏等），可能在一定程度上与不动产纠纷有关联。但即便如此，也不意味着一定适用专属管辖，而是需要根据具体案情和法律规定来判断。

建议：

• 对于建设工程施工合同的双方当事人来说，为了避免未来可能出现的管辖争议，建议在合同中明确约定争议解决方式，包括是否选择仲裁以及仲裁机构的选择等。
• 如果双方已经约定了仲裁条款，但在履行过程中发生争议，应首先通过协商或仲裁解决，而非直接向法院提起诉讼。
• 如果对仲裁协议的效力或管辖问题存在疑问，建议及时咨询专业律师，以便得到更具体和准确的法律建议。

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