结论：建设工程合同纠纷案件可以通过约定仲裁来规避非专属管辖的诉讼管辖，但需确保仲裁协议的合法性、有效性和明确性。若仲裁协议无效或约定不明确，则可能仍需通过诉讼解决纠纷。

详细分析：

1. 仲裁协议的合法性与有效性：

   • 根据《中华人民共和国仲裁法》第五条，当事人达成有效仲裁协议后，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这意味着，只要仲裁协议合法有效，就可以排除法院的诉讼管辖。
   • 仲裁协议需满足书面形式、明确仲裁意愿及机构、主体适格等条件。在建设工程合同中，双方可以约定将因合同产生的争议提交给特定的仲裁委员会进行仲裁。

2. 专属管辖与仲裁的关系：

   • 专属管辖主要适用于不动产纠纷、港口作业纠纷和继承遗产纠纷等特定类型的案件。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条，这些案件由特定的人民法院专属管辖。
   • 建设工程合同纠纷并不属于法定专属管辖的范围，因此当事人可以自由约定仲裁来解决争议，无需担心专属管辖的限制。

3. 仲裁协议的拟定要点：

   • 在拟定仲裁协议时，应明确仲裁机构的名称，避免使用模糊表述，如“提交当地仲裁委员会”可能因约定不明而被认定无效。
   • 仲裁协议应作为合同的一部分，或单独签订，但需确保所有当事人均签署，以体现其自愿性和合法性。

4. 仲裁与诉讼的选择策略：

   • 仲裁具有一裁终局、保密性强、专业高效等特点，适合希望快速解决争议并保护商业信息的当事人。
   • 诉讼则可能经历一审、二审等程序，耗时较长，但法院判决具有直接强制执行力。
   • 当事人应根据自身需求和对方资信情况，选择合适的争议解决方式。若对方资信较差或需财产保全，可考虑诉讼；若希望快速解决争议并保护商业信息，则仲裁更为合适。

5. 实际案例与注意事项：

   • 例如，某建筑公司与开发商在合同中约定“因本合同产生的争议提交北京仲裁委员会仲裁”。发生工程款纠纷时，双方需依约申请仲裁，法院无权管辖。
   • 需要注意的是，若仲裁协议存在无效情形（如约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、由无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立、或一方采取胁迫手段迫使对方订立等），则仲裁协议无效，当事人仍可向法院起诉。

建议：

• 在签订建设工程合同时，若希望规避诉讼管辖，可明确约定仲裁条款，并确保仲裁协议的合法性、有效性和明确性。
• 在发生纠纷后，应及时固定证据，并按约定程序主张权利。若对仲裁协议的有效性或仲裁程序的合法性有疑问，可咨询专业律师以获取更具体的法律建议。

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