建设工程分包合同纠纷中约定仲裁管辖，并不违反专属管辖的规定。以下是对此问题的详细分析：
一、专属管辖与仲裁管辖的基本概念
专属管辖：根据《民事诉讼法》及相关司法解释，专属管辖是指某些特定类型的案件必须由特定的人民法院管辖，当事人不能通过约定改变管辖法院。在建设工程领域，虽然建设工程合同纠纷与不动产紧密相关，但根据最高人民法院的裁判观点及司法实践，建设工程合同纠纷（包括分包合同纠纷）并不直接适用不动产纠纷的专属管辖，而是按照一般合同纠纷的管辖原则或双方当事人的约定来确定管辖法院。不过，若从最严格的字面解释《民事诉讼法》及相关司法解释，将建设工程合同纠纷视为与不动产相关的纠纷类型，在未约定仲裁时，可能由不动产所在地法院管辖，但这并不影响仲裁约定的有效性。
仲裁管辖：仲裁管辖是指当事人通过仲裁协议约定将争议提交给仲裁机构进行裁决的管辖方式。根据《仲裁法》的规定，平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。建设工程分包合同纠纷属于合同纠纷的一种，因此当事人可以在合同中约定仲裁管辖。
二、仲裁管辖与专属管辖的关系
不冲突性：仲裁管辖与专属管辖并不冲突。专属管辖主要规定的是诉讼管辖的法院，而仲裁管辖则是当事人通过协议选择的一种非诉讼纠纷解决方式。当事人约定仲裁管辖，即排除了诉讼管辖的可能性，包括专属管辖。
有效性：只要仲裁协议符合《仲裁法》规定的有效要件（如书面订立、明确仲裁事项、选定仲裁委员会等），该仲裁协议就是有效的，对双方当事人具有约束力。即使建设工程分包合同纠纷在诉讼上可能涉及专属管辖，但仲裁协议的约定仍然有效，纠纷将通过仲裁程序解决。
三、实际操作中的注意事项
仲裁协议的明确性：当事人在约定仲裁管辖时，应确保仲裁协议的明确性。仲裁协议中应清晰指明仲裁事项、选定的仲裁委员会等关键信息，以避免未来可能出现的争议。
仲裁与诉讼的衔接：虽然仲裁协议具有排除诉讼管辖的效力，但如果仲裁协议被认定为无效或不存在有效的仲裁协议，当事人仍然可以向人民法院起诉。此外，对于发生了合同约定的仲裁事项以外的争议，当事人同样可以选择向人民法院起诉来解决。
了解仲裁程序：在选择仲裁作为纠纷解决方式时，当事人应了解仲裁程序的特点和规则，以便更好地维护自己的合法权益。例如，仲裁程序通常更加灵活、高效，但裁决结果具有终局性，对双方当事人具有约束力。
四、建议
在合同中明确约定仲裁管辖：为了降低未来可能出现的管辖争议风险，建议当事人在建设工程分包合同中明确约定仲裁管辖，并确保仲裁协议的合法性和有效性。
咨询专业律师：在签订合同或约定仲裁管辖时，如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我可以根据具体情况提供针对性的法律意见和帮助。
综上所述，建设工程分包合同纠纷中约定仲裁管辖并不违反专属管辖的规定。当事人在签订合同时应谨慎考虑管辖条款的设定，并确保仲裁协议的合法性和有效性。