建设工程合同中约定仲裁并不违反专属管辖的规定。以下是对这一问题的详细分析：
一、仲裁管辖与专属管辖的法律基础
仲裁管辖：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷，包括建设工程合同纠纷，在双方自愿并达成仲裁协议的前提下，可以通过仲裁方式解决。这意味着，建设工程合同中双方可以约定仲裁管辖来解决可能发生的争议。
专属管辖：
- 专属管辖是指法律强制规定某些特定类型的案件只能由特定的法院管辖，其他法院无权管辖，当事人也不得协议变更的管辖制度。在建设工程领域，通常认为与不动产相关的纠纷可能涉及专属管辖，但这里的“不动产纠纷”主要指的是因不动产的权利确认、分割、相邻关系等引起的物权纠纷，而非基于施工合同履行产生的债权债务关系。
二、建设工程合同约定仲裁的合法性
仲裁协议的必备条件：
- 仲裁协议必须以书面形式订立，明确仲裁事项和选定的仲裁委员会。在建设工程合同中，双方可以约定将工程质量、工程价款、工期等方面的纠纷纳入仲裁范围，并明确具体的仲裁委员会。
仲裁协议的效力：
- 一旦建设工程合同中约定了有效的仲裁条款，当事人就排除了向法院起诉的权利。发生纠纷后，只能向约定的仲裁委员会申请仲裁，除非仲裁协议被认定为无效（如约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、由无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立、或一方采取胁迫手段迫使对方订立等情形）。
三、仲裁与专属管辖的关系
不冲突原则：
- 仲裁管辖与专属管辖并不冲突。专属管辖主要适用于特定类型的案件，如不动产纠纷、港口作业纠纷等，而仲裁管辖则适用于双方自愿并达成仲裁协议的合同纠纷。在建设工程合同中，双方约定仲裁管辖并不违反专属管辖的规定，因为仲裁并非法院管辖的一种形式，而是另一种争议解决方式。
选择权：
- 当事人有权在合同中约定争议解决方式，包括仲裁或诉讼。如果双方选择了仲裁，则应遵守仲裁协议的规定，向约定的仲裁委员会申请仲裁；如果未选择仲裁或仲裁协议无效，则当事人可以向人民法院起诉。
四、实际建议
明确仲裁协议：
- 在建设工程合同中，如果双方希望约定仲裁管辖，应确保仲裁协议的合法性、有效性和明确性。仲裁协议应书面订立，明确仲裁事项和选定的仲裁委员会，避免模糊或歧义。
了解仲裁与诉讼的区别：
- 当事人应了解仲裁与诉讼之间的区别和衔接关系。仲裁通常具有一裁终局、保密性强等特点，而诉讼则具有公开性、可上诉性等特点。当事人应根据自身需求和案件特点选择合适的争议解决方式。
咨询专业律师：
- 在签订建设工程合同时，如果涉及争议解决方式的约定，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议和指导，帮助当事人制定合法有效的争议解决条款。
综上所述，建设工程合同中约定仲裁并不违反专属管辖的规定。当事人有权在合同中约定仲裁管辖来解决可能发生的争议，但应确保仲裁协议的合法性、有效性和明确性。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。