结论：承包合同上约定争议发生时进行仲裁，则不适用专属管辖。仲裁协议的存在排除了法院的专属管辖权。
分析：
仲裁协议的效力：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这意味着，一旦双方约定了仲裁作为争议解决方式，就排除了法院对同一争议的管辖权，包括专属管辖。
专属管辖的适用范围：
- 专属管辖主要适用于因不动产纠纷、港口作业纠纷以及继承遗产纠纷提起的诉讼。这些纠纷类型具有特殊性，通常与特定地点或物权紧密相关，因此法律赋予了特定法院对这些纠纷的专属管辖权。然而，承包合同纠纷并不属于这些特定类型，因此不受专属管辖的限制。
仲裁与诉讼的选择：
- 在承包合同中，双方当事人可以自由约定争议解决方式，包括仲裁或诉讼。如果选择了仲裁，则意味着双方同意将争议提交给仲裁机构进行裁决，而不是通过法院诉讼解决。因此，仲裁协议的存在排除了法院对同一争议的管辖权，包括专属管辖。
实际案例与司法实践：
- 在司法实践中，法院通常会尊重当事人的仲裁意愿，并认定有效的仲裁协议可以排除法院的管辖权。这意味着，如果承包合同中约定了仲裁条款，且该条款有效，那么当事人应当通过仲裁方式解决争议，而不是向法院提起诉讼。
建议：
- 在签订承包合同时，双方应明确约定争议解决方式。如果希望快速、高效地解决争议，可以考虑选择仲裁作为争议解决方式。
- 如果选择仲裁，应确保仲裁协议的内容明确、具体，并符合《中华人民共和国仲裁法》的相关规定。
- 在争议发生后，双方应遵守仲裁协议的约定，通过仲裁方式解决争议。如果一方违反仲裁协议向法院提起诉讼，另一方可以依据仲裁协议向法院提出管辖权异议。
可能的法律后果：
- 如果承包合同中约定了有效的仲裁条款，但一方仍向法院提起诉讼，法院可能会依据仲裁协议裁定不予受理或驳回起诉。
- 如果仲裁协议无效或不存在，且承包合同纠纷不属于专属管辖的范围，那么双方可以选择向被告住所地或合同履行地的人民法院提起诉讼。