综合计算工时制下，工作日并不直接受平均每日加班时间不超过1小时或3小时的限制，但需受综合计算周期内总工时不超过法定标准的限制，且每日加班一般也不宜过长。以下是对这一问题的详细分析：
一、综合计算工时制的基本特点
综合计算工时制是一种特殊的工作时间制度，它允许用人单位根据生产、工作的特点，将劳动者的工作时间在一定周期内（如周、月、季、年）进行综合计算，以确定劳动者是否加班以及加班的时长。这种制度主要适用于那些因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业或部分劳动者。
二、加班时间的限制
综合计算周期内的总工时限制：
- 在综合计算周期内，劳动者的总实际工作时间不得超过法定标准工作时间（即每日8小时，每周40小时，换算成综合计算周期内的总时长）。如果超过，则超过部分应视为加班，用人单位需支付加班费。
每日加班时间的通常限制：
- 虽然综合计算工时制不直接规定每日加班时间的上限为1小时或3小时，但出于劳动者健康和工作效率的考虑，每日加班时间一般也不宜过长。在实际操作中，用人单位通常会根据生产需要和劳动者身体状况，合理安排加班时间，避免过度加班对劳动者造成损害。同时，如果每日加班时间过长，也可能在综合计算周期内导致总工时超标，从而触发加班费的支付义务。
特殊情况下的加班时间限制：
- 在某些特殊情况下，如紧急任务、突发事件等，用人单位可能需要安排劳动者进行更长时间的加班。但这种情况下，用人单位应确保劳动者的身体健康和安全，并依法支付加班费。同时，这种加班也应是临时性的、偶发性的，不应成为常态。
三、法律建议
对于用人单位：
- 在实行综合计算工时制时，应严格按照法律规定和劳动合同约定，合理安排劳动者的工作时间和加班时间。
- 确保综合计算周期内的总工时不超过法定标准，避免因此产生劳动纠纷。
- 在安排加班时，应充分考虑劳动者的身体状况和工作效率，避免过度加班对劳动者造成损害。
对于劳动者：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，了解自己的工作时间和加班时间安排。
- 如果发现用人单位违反法律规定或合同约定，安排过长的加班时间或未支付加班费，应及时向用人单位提出异议或向劳动监察部门投诉。
如果您在综合计算工时制或劳动纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。