结论：在综合计算工时工作制下，法定节假日加班发放300%的加班工资，该加班工时通常不计入综合计算周期内的总工时，但法定节假日的工作时间本身属于加班，需单独计算加班工资。以下是对此问题的详细分析：

一、综合计算工时制的定义与特点

综合计算工时制是一种特殊的工时制度，它允许在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，而非按照每日8小时、每周40小时的标准工时制来计算。这种工时制度适用于因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，需连续作业的行业。在综合计算周期内，劳动者的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。

二、法定节假日加班的法律规定

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位在法定休假日安排劳动者工作的，应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这一规定具有普遍性，适用于所有工时制度，包括综合计算工时制。法定节假日是国家法律明确规定的劳动者休息时间，具有不可替代性，因此，在法定节假日工作属于加班情形。

三、综合计算工时制下法定节假日加班的处理

1. 加班认定：

   • 在综合计算工时制下，法定节假日的工作时间并不计入综合计算周期内的总工时。这意味着，无论劳动者在综合计算周期内的总工作时间是否超过法定标准，只要用人单位在法定节假日安排劳动者工作，就属于加班情形。

2. 加班工资支付：

   • 用人单位需按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付加班工资。加班工资的计算基数为劳动者本人小时工资，小时工资的计算方式为月工资收入除以月计薪天数（通常为21.75天）再除以8小时。
   • 计算公式：\(加班工资 = 月工资收入 \div 21.75 \div 8 \times 加班小时数 \times 300\%\)

四、实例说明

假设某企业实行以月为周期的综合计算工时制，某劳动者月工资为5000元。在某个月中，包含了国庆节（法定节假日）3天，且该劳动者在这3天均上班，每天工作8小时。那么，该劳动者在国庆节的加班工资计算如下：

• 小时工资 = \(5000 \div 21.75 \div 8 \approx 28.74\)（元/小时）
• 加班工资 = \(28.74 \times 8 \times 3 \times 300\% = 2069.28\)（元）

五、劳动者权益保护与注意事项

1. 拒绝加班权：

   • 劳动者有权拒绝用人单位在法定节假日的加班要求，除非有特殊情况，如涉及公共利益、抢险救灾等紧急情况。

2. 监督检查权：

   • 劳动行政部门有权对用人单位在法定节假日加班及加班工资支付等情况进行监督检查，以确保劳动者的合法权益得到保障。

3. 注意事项：

   • 劳动者应保留好加班证据，如加班通知、考勤记录等，以便在发生纠纷时维护自身权益。
   • 用人单位应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到充分保障。如用人单位违反法律规定，未支付法定节假日的加班工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或通过法律途径维护自身权益。

综上所述，在综合计算工时工作制下，法定节假日加班发放300%的加班工资，且该加班工时通常不计入综合计算周期内的总工时。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。