在综合计算工时工作制下，公司仍然需要支付劳动者法定节假日的加班工资以及未休年休假的工资报酬，但正常休年休假期间则无需额外支付加班工资，而是按正常工资标准支付。以下是对这一问题的详细分析：
一、法定节假日加班工资
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定休假日安排劳动者工作的，用人单位需支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这一规定具有普遍性，适用于所有工时制度，包括综合计算工时制。
综合计算工时制下的处理：
- 在综合计算工时制下，法定节假日的工作时间并不计入综合计算周期内。因此，无论劳动者在综合计算周期内的总工作时间是否超过法定标准，只要用人单位在法定节假日安排劳动者工作，就属于加班情形，需按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付加班工资。
实例说明：
- 假设某企业实行以月为周期的综合计算工时制，若员工在国庆节期间被安排工作，即使该月总的工作时间未超过法定标准工作时间，国庆节工作的这部分时间也应认定为加班，用人单位应按照不低于工资的百分之三百支付加班工资。
二、年休假工资
正常休年休假：
- 如果劳动者正常休年休假，用人单位应按照劳动合同约定的工资标准支付工资，即年休假期间的工资待遇与正常工作期间相同。这包括基本工资、岗位工资、绩效工资等常规组成部分，无需额外支付加班工资。
未休年休假：
- 对于职工应休未休的年休假天数，用人单位应当按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬。这里需要注意的是，这300%的工资报酬中包含了用人单位支付职工正常工作期间的工资收入，因此实际上用人单位需要额外支付的未休年休假工资是正常日工资的200%。日工资收入的计算方式为：月工资除以月计薪天数（通常为21.75天）。
三、劳动者权益保护
- 拒绝加班权：劳动者有权拒绝用人单位在法定节假日的加班要求，除非有特殊情况，如涉及公共利益、抢险救灾等紧急情况。
- 监督检查权：劳动行政部门有权对用人单位在法定节假日加班及加班工资支付、年休假工资支付等情况进行监督检查，以确保劳动者的合法权益得到保障。
- 维权途径：如用人单位违反法律规定，未支付法定节假日的带薪工资、加班工资或未休年休假工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉，通过法律途径维护自身权益。
总结：在综合计算工时工作制下，公司仍然需要支付劳动者法定节假日的加班工资以及未休年休假的工资报酬。劳动者应了解自己的权益，如有必要可通过合法途径维护自身权益。如果您在劳动纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。