在综合工时制下，法定节假日加班工资按不低于工资的300%支付，且不区分是否已超过综合工时周期内的总工时；平时加班工资则需根据综合工时周期内总工时是否超标来计算，若法定节假日已上班36小时，这36小时均按300%支付加班工资，平时加班部分按150%或200%支付（视是否超过周期总工时而定）。具体分析如下：

一、法定节假日加班工资的计算

1. 法定标准：根据《劳动法》第四十四条第三项规定，法定节假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这一规定适用于所有工时制度，包括综合工时制。

2. 综合工时制下的应用：在综合工时制下，法定节假日的加班工资计算不受综合工时周期内总工时是否超标的影响。也就是说，无论劳动者在综合工时周期内是否已经工作超过法定标准工时，只要在法定节假日上班，都应当按照不低于工资的300%支付加班工资。

3. 具体案例：如果劳动者在法定节假日已经上班36小时，那么这36小时都应当按照不低于工资的300%支付加班工资。

二、平时加班工资的计算（非法定节假日）

1. 综合工时制特点：综合工时制是以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。

2. 加班工资计算：

   • 未超过总法定标准工作时间：如果劳动者在综合工时周期内的总实际工作时间未超过总法定标准工作时间，那么即使某一具体日（或周）的实际工作时间超过了8小时（或40小时），也不视为加班，用人单位无需支付加班工资。
   • 超过总法定标准工作时间：如果劳动者在综合工时周期内的总实际工作时间超过了总法定标准工作时间，那么超过的部分应当视为加班，用人单位应当按照不低于工资的150%支付加班工资。如果加班发生在休息日（非法定节假日），且无法安排补休的，则按照不低于工资的200%支付加班工资。

3. 与法定节假日加班的区别：需要注意的是，法定节假日的加班工资计算不受综合工时周期内总工时是否超标的影响，始终按照不低于工资的300%支付。而平时加班工资的计算则与综合工时周期内总工时是否超标密切相关。

三、综合建议

1. 保留证据：劳动者应当保留好加班的证据，如考勤记录、加班通知等，以便在发生劳动争议时能够证明自己的加班事实。

2. 及时维权：如果用人单位未按照法律规定支付加班工资，劳动者可以及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

3. 咨询专业意见：由于劳动法律法规较为复杂，且不同地区的具体规定可能存在差异，因此劳动者在遇到具体问题时，建议直接向我咨询，以便得到更准确、更专业的解答。