在综合工时制下，周六日上班是否算作加班以及加班费的计算方式，确实是一个涉及多个法律层面的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、综合工时制的基本概念

综合工时制是一种特殊的工时制度，它允许企业因工作性质或受季节、自然条件限制，无法实行标准工时制度时，采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的制度。但需要注意的是，其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同，即每日8小时，每周40小时。

二、周六日上班是否算加班的判断标准

在综合工时制下，周六日上班是否算加班，并非单纯依据是否在周末工作来判断，而是要看整个计算周期内的工作时间是否超过了法定标准工作时间。

1. 未超出总法定标准工作时间：

   • 如果在整个综合计算周期内，您的总实际工作时间未超过该周期的总法定标准工作时间，那么即使在周六日上班，也不属于加班，用人单位无需支付加班工资。

2. 超出总法定标准工作时间：

   • 如果总实际工作时间超过了该周期的总法定标准工作时间，那么超出部分将被视为延长工作时间，即加班。对于这部分加班时间，用人单位需要按照法律规定支付加班工资。

三、加班费的计算方式

1. 非法定节假日的周六日加班：

   • 如果周六日上班且总工作时间超出了法定标准，那么超出部分应按照不低于您本人小时工资的150%支付加班工资。

2. 法定节假日的周六日加班：

   • 如果周六日恰逢法定节假日，那么无论是否超出法定标准工作时间，用人单位都应按照法定节假日的加班标准支付加班费，即不低于您本人日或小时工资的300%。

四、实际操作中的注意事项

1. 劳动行政部门审批：

   • 实行综合工时制需要经过劳动行政部门的审批。未经审批自行实行的，其加班认定和工资支付可能无法按照综合工时制的规定执行。

2. 工时记录与公示：

   • 用人单位应建立健全工时记录制度，准确记录您的工作时间，并将综合工时制的实施情况向您公示，接受监督。

3. 了解自身权益：

   • 作为劳动者，您应了解自己的工时安排和加班权益。如果用人单位未按规定支付加班费或存在其他违规行为，您有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

五、实际应用建议

• 在与用人单位签订劳动合同时，应明确约定工时制度、加班费支付标准等关键条款。
• 保留好与工作时间、加班费支付相关的证据，如考勤记录、工资条等。
• 如遇用人单位违规行为，及时咨询专业律师或劳动监察部门以获取准确解答和帮助。

综上所述，综合工时制下周六日上班是否算加班以及加班费的计算方式，需要综合考虑多个因素。希望以上解答能够帮助您更好地理解这一问题，并在实际工作中维护自己的合法权益。