综合工时制下，法定假日值班应按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资，且不得以调休替代。以下是详细分析：

1. 综合工时制的定义与适用范围
   综合工时制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业职工，经劳动行政部门批准后，以周、月、季、年为周期综合计算工作时间的一种工时制度。其核心在于“周期内总工时不超过法定标准”（如月总工时不超过176小时），但具体每日工作时间可灵活安排。

2. 法定假日值班的性质认定
   根据《劳动法》第四十四条第三项，法定假日（如春节、国庆等）属于带薪休假日，劳动者在法定假日工作的，无论是否超出综合工时制的周期总工时，均应视为加班。这与标准工时制下法定假日加班的认定一致，均需支付300%工资且不得调休。

3. 加班工资的计算方式

   • 计算基数：以劳动者本人日或小时工资为基准（日工资=月工资÷21.75天，小时工资=日工资÷8小时）。
     
   • 支付标准：法定假日值班按300%支付加班工资，且不包含当日原本应得的100%工资（即实际支付4倍工资的说法是错误的，应为“额外支付3倍”）。
     
   • 示例：若劳动者月工资为5000元，国庆节值班1天，则加班工资=5000÷21.75×300%≈689.66元。

4. 与调休的区分

   • 综合工时制下，仅休息日加班可调休：若劳动者在周期内总工时未超标，但某日工作时间超过8小时，超出部分可安排调休或支付150%工资（休息日加班规则）。
     
   • 法定假日加班必须支付300%工资：调休仅适用于休息日加班，法定假日加班的“不可替代性”源于其带薪休假属性，调休会剥夺劳动者享受法定福利的权利。

5. 实务操作建议

   • 企业合规要点：
     
     • 提前向劳动行政部门申请综合工时制审批；
       
     • 在劳动合同或规章制度中明确工时计算方式及加班规则；
       
     • 保留考勤记录、工资支付凭证等证据，避免纠纷。
       
   • 劳动者维权路径：
     
     • 若企业未支付法定假日加班工资，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
       
     • 主张加班工资的时效为1年（自知道权益受损之日起计算）。

如需进一步分析具体案例或地方性规定（如部分省份对综合工时制的细化要求），可提供更多信息后为您详细解答。