在综合计算工时工作制下，法定节假日的工资计算方式为：法定节假日安排劳动者工作的，需支付不低于工资300%的报酬，且不得以调休替代；综合计算周期内总实际工作时间超过法定标准工作时间的部分，按150%支付加班费。具体分析如下：

1. 法定节假日的强制性三倍工资规则
   根据《劳动法》第四十四条第三项，无论企业实行何种工时制度（标准工时、综合计算工时或不定时工时），法定节假日（如春节、国庆等11天）安排工作的，必须支付不低于工资300%的报酬。这一规定具有强制性，企业不得通过调休、补休等方式规避支付义务。例如，若员工在国庆节当天工作8小时，企业需按日工资的300%支付当日工资。

2. 综合计算周期内加班费的计算逻辑
   综合计算工时制的核心是“周期内总工时平衡”，即以周、月、季、年为周期，统计总工作时间。若周期内总实际工作时间超过法定标准工作时间（如月标准166.64小时），超出部分需按150%支付加班费；未超过部分则按正常工资计算。但需注意：

• 法定节假日工作不纳入周期总工时：即使法定节假日工作未导致周期总工时超标，企业仍需单独支付300%工资。例如，某员工月标准工时166.64小时，当月实际工作180小时（含国庆节8小时），则企业需支付：国庆节8小时×300% + 超出标准工时的6小时×150%。
  
• 调休限制：综合计算工时制下，仅周休息日（如周六、周日）的加班可安排调休，法定节假日的加班必须支付现金报酬，不得调休。

1. 实务操作中的关键证据
   企业需保留以下材料以规避纠纷：
   

• 审批文件：综合计算工时制的行政审批材料（需向当地劳动保障部门申请）；
  
• 考勤记录：精确记录员工每日工作时间、法定节假日出勤情况；
  
• 工资条：明确标注法定节假日工资、加班费计算基数及金额。
  若企业未履行审批程序或考勤记录缺失，可能被认定为实行标准工时制，需按标准工时制支付加班费（周休息日加班按200%支付）。

建议：若您发现企业未依法支付法定节假日工资，可先与企业协商补发；协商无果的，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。如有具体案例或计算疑问，可进一步向我咨询，我会结合您的工时周期、工资结构等细节提供精准计算方案。