工伤只赔付底薪和医药费是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律依据角度

根据《工伤保险条例》以及相关法律法规的规定，工伤赔偿的范围是较为广泛的，并非仅仅局限于底薪和医药费。具体来说，工伤赔偿项目通常包括：

1. 医疗费用：这包括工伤职工因治疗工伤而发生的挂号费、住院费、医疗费、药费、就医路费等，需符合工伤保险诊疗项目目录、工伤保险药品目录、工伤保险住院服务标准。但除了直接的医药费，还可能涉及康复费用等与治疗相关的合理费用。
2. 停工留薪期工资：职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇”并非仅指底薪，而是按照职工因工作遭受事故伤害或者患职业病前12个月平均月缴费工资来计算，它包含了职工正常的工资收入以及可能的奖金、津贴等福利待遇。
3. 护理费：生活不能自理的工伤职工在停工留薪期需要护理的，由所在单位负责。如果单位未派人护理，则需要支付护理费。
4. 一次性伤残补助金：职工因工致残被鉴定为一级至十级伤残的，根据伤残等级，从工伤保险基金按伤残等级支付一次性伤残补助金。
5. 伤残津贴：对于一级至四级伤残的职工，从工伤保险基金按月支付伤残津贴。
6. 一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金：职工因工致残被鉴定为五级、六级伤残的，经工伤职工本人提出，该职工可以与用人单位解除或者终止劳动关系，由工伤保险基金支付一次性工伤医疗补助金，由用人单位支付一次性伤残就业补助金；职工因工致残被鉴定为七级至十级伤残的，劳动、聘用合同期满终止，或者职工本人提出解除劳动、聘用合同的，同样可以享受这两项补助金。
7. 丧葬补助金、供养亲属抚恤金和一次性工亡补助金：如果职工因工死亡，其近亲属可以从工伤保险基金领取丧葬补助金、供养亲属抚恤金和一次性工亡补助金。

实际操作角度

在实际的工伤赔偿处理中，如果用人单位只赔付底薪和医药费，而忽略了其他应赔付的项目，工伤职工可以通过以下途径来维护自己的合法权益：

1. 与用人单位协商：首先可以尝试与用人单位进行沟通协商，明确告知用人单位根据法律规定自己应享受的工伤赔偿项目和标准，要求用人单位按照法律规定进行赔付。
2. 申请劳动仲裁：如果协商无果，工伤职工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，提交相关证据材料，如工伤认定书、医疗费用发票、工资单等，以证明自己的工伤事实和应享受的赔偿项目。
3. 提起诉讼：对劳动仲裁裁决不服的，工伤职工还可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径来维护自己的合法权益。

特殊情况说明

当然，也存在一些特殊情况可能会影响工伤赔偿的具体项目和金额。例如，如果用人单位没有为职工缴纳工伤保险费，那么根据《工伤保险条例》第六十二条的规定，用人单位需要按照该条例规定的工伤保险待遇项目和标准支付费用。但这并不意味着赔偿范围可以随意缩小，仍然需要按照法律规定来确定赔偿项目和金额。

综上所述，工伤只赔付底薪和医药费是不合法的。如果你遇到了类似的情况，或者对工伤赔偿有任何疑问，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。