公司不给申报工伤，只给发底薪的行为是不合法的。以下从几个方面为你详细分析：
一、公司有义务为员工申报工伤
根据《工伤保险条例》第十七条的规定，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。如果用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
举例说明：假设你在工作中不慎受伤，公司应当在30日内为你申报工伤。如果公司未申报，你或你的近亲属、工会组织可以在1年内自行申报。
二、工伤期间的工资待遇
根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。工伤职工评定伤残等级后，停发原待遇，按照本章的有关规定享受伤残待遇。工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗的，继续享受工伤医疗待遇。
具体分析：
停工留薪期内的工资：在停工留薪期内，你的原工资福利待遇应当保持不变，公司应当按月支付给你。这里的“原工资福利待遇”通常包括基本工资、奖金、津贴等。
停工留薪期外的待遇：如果停工留薪期满后，你仍需治疗，公司应当继续为你支付工伤医疗待遇，但工资待遇可能会根据具体情况有所调整。
公司只给发底薪的行为分析：
三、你的维权途径
与公司协商：首先，你可以尝试与公司进行协商，要求公司按照法律规定为你申报工伤并支付停工留薪期内的工资。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉公司的违法行为。劳动监察部门会依法进行调查处理，并保护你的合法权益。
申请劳动仲裁：如果投诉后问题仍未得到解决，你可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁委员会会依法进行裁决，并维护你的合法权益。
建议：在处理此类问题时，建议你保留好相关证据，如工作证明、工资单、医疗证明等，以便在需要时提供证明。同时，你也可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议和帮助。