结论：在工伤认定书未下来之前，公司只发底薪是否合法，需分情况讨论。一般来说，若公司未按照法律规定支付停工留薪期工资，则可能不合法。
分析：
停工留薪期工资支付规定：
- 根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
- 这意味着，在停工留薪期内，公司应支付职工原工资福利待遇，而非仅底薪。
工伤认定书未下来的情况：
- 工伤认定书是确认职工是否因工作遭受事故伤害或患职业病的重要文件。然而，在工伤认定书未下来之前，职工若因工伤需要暂停工作接受医疗，仍应享受停工留薪期的待遇。
- 公司不能以工伤认定书未下来为由，拒绝支付或仅支付底薪。
公司只发底薪的合法性判断：
- 如果公司仅支付底薪，而未按照职工原工资福利待遇支付停工留薪期工资，则这种做法可能不合法。
- 职工有权要求公司按照法律规定支付停工留薪期工资，并可以通过劳动争议调解仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。
建议：
- 与公司沟通：首先，建议职工与公司进行沟通，明确表达自己的诉求和法律依据，要求公司按照法律规定支付停工留薪期工资。
- 收集证据：职工应收集相关证据，如医疗证明、工资单等，以证明自己因工伤需要暂停工作接受医疗，以及原工资福利待遇的情况。
- 寻求法律援助：如果公司拒绝支付或协商无果，职工可以寻求法律援助，通过劳动争议调解仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。
后续行动：
- 职工应密切关注工伤认定的进展，一旦工伤认定书下来，应立即与公司确认停工留薪期的具体期限和工资支付情况。
- 如果公司仍存在违法行为，职工应及时向劳动监察部门投诉或提起劳动争议仲裁/诉讼，以维护自己的合法权益。
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