工伤认定期间公司只发基本工资是不合法的，职工在停工留薪期内应享受与原工资福利待遇相同的待遇。以下是对此问题的详细分析：

法律依据

根据《工伤保险条例》第三十三条的明确规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇”是一个全面的概念，它涵盖了职工在正常出勤情况下所获得的全部收入，包括但不限于基本工资、奖金、津贴和补贴等。

工资福利待遇的涵盖范围

“原工资福利待遇不变”不仅指基本工资，还包括了奖金、津贴、补贴等所有正常工资范畴内的收入。这是为了全面保障工伤职工的经济利益，确保其生活质量不受影响。例如，如果某职工在工伤前每月除了基本工资外，还有绩效奖金、交通补贴等，那么在停工留薪期内，这些都应该被计入应发工资总额中。

停工留薪期的时长与延长

停工留薪期一般不超过12个月。然而，对于伤情严重或情况特殊的工伤职工，经过设区的市级劳动能力鉴定委员会的确认，可以适当延长停工留薪期，但延长时间同样不得超过12个月。在整个停工留薪期内，包括延长部分，工伤职工的工资待遇都应保持不变。

工伤职工的权益保护

如果公司在工伤职工停工留薪期内仅支付了基本工资，而未支付其他应得的福利待遇，那么工伤职工有权要求公司按照《工伤保险条例》的规定，补足与其原工资相等的福利待遇。若公司拒绝支付，工伤职工可以通过以下法律途径来维护自己的合法权益：

1. 与公司协商：首先尝试与公司进行沟通协商，要求公司按照法律规定支付足额的工伤工资。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门进行投诉，由劳动监察部门责令公司改正其违法行为。
3. 申请劳动仲裁：还可以选择向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径要求公司补足工资差额，并可能获得相应的经济补偿。

特殊情况说明

虽然一般情况下公司应按照职工受伤前的原工资福利待遇标准全额支付停工留薪期内的工资，但也存在某些特殊情况。例如，如果职工因工伤导致无法正常工作，需要进行劳动能力鉴定等，企业与职工可以协商一个较低的工资标准（但这必须基于双方的明确协商，并且企业的相关规定需符合法律法规的要求）。然而，这并不意味着企业可以单方面降低工伤期间的工资待遇。

总结：工伤认定期间公司只发基本工资是违反《工伤保险条例》规定的。工伤职工应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当措施来维护这些权益。如果遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。