结论前置：
详细分析：
首先，我们需要明确的是，工伤期间员工的工资待遇并非完全由公司单方面决定，而是受到相关法律法规的严格规范。根据《工伤保险条例》的规定，员工在工伤期间，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇”通常指的是员工在工伤前的正常工资水平，而不仅仅是底薪。
一、关于工伤期间工资待遇的法律规定
原工资福利待遇不变：根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这意味着，在工伤鉴定结果出来前，公司应继续支付您工伤前的正常工资，而非仅支付底薪。
停工留薪期：停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。在停工留薪期内，公司需按上述规定支付工资。
二、关于工伤鉴定结果出来后的协商
协商权利：您有权在工伤鉴定结果出来后，与公司就工伤赔偿事宜进行协商。这包括但不限于一次性伤残补助金、伤残津贴、一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金等。
协商内容：协商时，您可以根据工伤鉴定结果和自身情况，提出合理的赔偿要求。公司也应根据法律规定和实际情况，给予您应有的赔偿。
三、可能面临的法律后果
公司违法支付工资：如果公司在工伤期间仅支付您底薪，而未按照法律规定支付原工资福利待遇，您有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发差额工资，并可能获得相应的经济补偿。
协商不成：如果与公司协商不成，您可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
建议：
保留证据：在工伤期间，建议您保留好与工资支付相关的证据，如工资条、银行转账记录等，以便在需要时证明自己的权益。
及时咨询：如果您对工伤期间的工资待遇或工伤赔偿事宜有任何疑问，建议及时向我咨询，以便获得更专业的法律建议。
综上所述，工伤期间公司只发底薪的做法不一定合法，您有权在工伤鉴定结果出来后与公司进行协商。但在此期间，公司仍需遵守相关法律规定支付您应得的工伤待遇。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。