针对您提出的“工伤期间工资只发底薪是否合法以及加班工资怎么算”的问题，以下是我的详细解答：
一、工伤期间工资只发底薪是否合法
根据《工伤保险条例》的明确规定，当职工因工作原因遭受事故伤害或患职业病，需要暂停工作以接受工伤医疗时，其所在的单位应在停工留薪期内按月支付与原工资福利待遇相等的工资。这里的“原工资福利待遇”是一个全面的概念，它涵盖了职工在正常出勤情况下所获得的全部收入，包括但不限于基本工资、奖金、津贴和补贴等。
因此，工伤期间用人单位仅发放底薪是不合法的。职工在停工留薪期内应享受与原工资福利待遇相同的待遇，如果用人单位只发放底薪，那么职工有权要求用人单位补足差额。
二、加班工资在工伤期间如何计算
在工伤期间，由于职工处于停工留薪状态，即暂停工作以接受工伤医疗，因此通常不会涉及加班工资的计算问题。因为加班工资是基于职工在正常工作时间之外额外工作所获得的报酬，而在工伤期间，职工并未进行额外的工作。
然而，如果职工在工伤前存在未支付的加班工资，那么这部分加班工资仍然应当由用人单位支付。加班工资的计算通常依据劳动合同或用人单位的规章制度，以及国家的相关法律法规进行。在工伤期间，如果职工与用人单位就加班工资的支付问题存在争议，可以通过协商、投诉或仲裁等方式解决。
三、劳动者权益保护措施
如果发现用人单位在工伤期间仅发放底薪或未支付加班工资，劳动者可以采取以下措施维护自身合法权益：
与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行沟通，要求其按照法律规定支付足额的工伤工资和加班工资。
收集证据：如果协商无果，劳动者应收集相关证据，如工伤认定决定书、医院诊断证明、劳动合同、工资条等，以便后续维权使用。
向劳动监察部门投诉：劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位改正其违法行为。
申请劳动争议仲裁：劳动者还可以选择向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径要求用人单位补足工资差额和支付加班工资，并可能获得相应的经济补偿。
综上所述，工伤期间用人单位仅发放底薪是不合法的，职工在停工留薪期内应享受与原工资福利待遇相同的待遇。同时，在工伤期间通常不涉及加班工资的计算问题，但如果存在未支付的加班工资，劳动者仍有权要求用人单位支付。如遇此类问题，劳动者应采取积极措施维护自身合法权益。