结论前置：合同中规定工伤除医药费只赔偿40%的条款，其合法性需根据具体情况判断，一般情况下，若该条款显著低于法定工伤赔偿标准，则可能被认定为无效。以下从多个角度进行详细分析：
一、工伤赔偿的法定标准
根据《工伤保险条例》及相关规定，工伤赔偿包括医疗费、停工留薪期工资、一次性伤残补助金、一次性工伤医疗补助金、一次性伤残就业补助金等多项内容。这些赔偿项目均有明确的计算标准和支付条件，旨在保障工伤职工的合法权益。
- 医疗费：全额报销，由工伤保险基金或用人单位支付。
- 停工留薪期工资：按照职工原工资福利待遇支付，期限一般不超过12个月。
- 一次性伤残补助金：根据伤残等级，支付一定月数的本人工资。
- 一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金：在职工离职时支付，具体标准由各省、自治区、直辖市人民政府规定。
二、合同条款的合法性分析
若合同条款低于法定标准：
- 根据《劳动合同法》第二十六条，下列劳动合同无效或者部分无效：…（二）用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的；…。若合同中规定的工伤赔偿比例显著低于法定标准，可能被视为用人单位免除自己的法定责任，从而该条款无效。
- 工伤职工仍有权依据法定标准主张赔偿，用人单位需按照法定标准支付工伤赔偿。
若合同条款与法定标准相符或更高：
- 若合同中规定的工伤赔偿比例与法定标准相符或更高，且是双方真实意思表示，无欺诈、胁迫等情形，则该条款可能被视为有效。
- 但需注意，即使合同条款有效，用人单位也需确保工伤职工的合法权益得到充分保障，不得通过合同条款规避法定责任。
特殊情况下的考虑：
- 如果用人单位与劳动者在合同中约定的工伤赔偿条款，是在劳动者充分了解并自愿接受的基础上达成的，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该条款可能被视为有效。但这种情况较为罕见，且需严格审查合同签订过程中的自愿性和公平性。
三、法律建议
对于劳动者：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工伤赔偿的部分。
- 如发现合同条款与法定标准不符或存在不公平条款，应及时与用人单位协商修改或拒绝签订。
- 在发生工伤后，应依据法定标准主张赔偿，不受合同中不公平条款的限制。
对于用人单位：
- 在制定劳动合同时，应确保合同条款符合法律、行政法规的规定，不得免除自己的法定责任或排除劳动者的权利。
- 如需对工伤赔偿进行特别约定，应确保约定内容公平合理，且不违反法律强制性规定。
- 在发生工伤后，应按照法定标准支付工伤赔偿，避免引发劳动争议和法律风险。
最后，工伤赔偿问题涉及劳动者的切身利益，合同中的相关条款必须严格遵守法律规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。