结论：劳动合同上约定工伤后只发基本工资，这一条款的合法性需分情况讨论，一般情况下不合法，但在特定条件下可能被视为合法。
分析：
一般情况下的不合法性：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇”通常理解为职工在受伤前所享受的全部工资和福利待遇，而不仅仅是基本工资。
- 如果劳动合同中仅约定工伤后只发基本工资，这明显降低了职工在工伤期间的待遇，与《工伤保险条例》的规定相悖，因此，在一般情况下，这样的条款是不合法的。
特定条件下的合法性探讨：
- 尽管一般情况下工伤后只发基本工资是不合法的，但如果劳动合同中的这一约定是基于双方的自愿协商，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，同时也不违背公序良俗，那么在某些特定情境下（如双方有特别约定且该约定不损害劳动者基本权益），可能被视为合法。但这种情况极为罕见，且需要严格的法律审查和判断。
- 更重要的是，即使劳动合同中有这样的约定，如果该约定违反了《工伤保险条例》等法律法规的强制性规定，那么该约定也是无效的。劳动者有权要求用人单位按照法律法规的规定支付工伤期间的工资和福利待遇。
法律建议：
- 对于劳动者而言，如果发现劳动合同中有关于工伤后只发基本工资的约定，应首先与用人单位进行协商，要求修改或删除该不合法条款。
- 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 在处理此类纠纷时，劳动者应保留好相关的证据材料，如劳动合同、工资单、工伤认定书等，以便在需要时提供证明。
可能后果：
- 如果用人单位坚持执行不合法的工资支付条款，可能会面临劳动监察部门的处罚和劳动者的法律诉讼。
- 对于劳动者而言，如果成功维权，将能够获得应得的工伤期间工资和福利待遇；如果维权失败，则可能需要通过其他途径（如协商、调解等）来寻求解决方案。
总结：劳动合同上约定工伤后只发基本工资，在一般情况下是不合法的。劳动者应了解自己的权益，并在必要时采取法律措施来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。