针对您提出的“加班超时能不能只罚款不行政处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，在绝大多数情况下，对于因过度加班而需支付罚款的现象，实际上是违法的。这主要源自我国劳动法的明确规定，即任何用人单位不得以员工因加班超时而进行实质性的罚金惩罚。劳动法强调，加班行为必须坚持自愿原则，并且用人单位需要依法给予员工相匹配的加班薪酬。

接下来，我们分析一下特殊情况。如果员工因严重违反公司规章制度导致加班超时，并且这些规章制度已经通过合法制定与公示流程，那么用人单位确实有权依照规章制度进行处理。但这里的关键是，处理方式并非直接罚款。用人单位应采取合法合规的手段，例如给予警告、绩效扣分等，而不是直接对员工进行经济处罚。

此外，我还想提醒您的是，如果您遭遇了类似的情况，即被要求因加班超时而支付罚款，建议您及时搜集相关证据，如考勤记录、工资单等。这些证据将有助于您在必要时维护自己的合法权益。

最后，我想强调的是，无论是用人单位还是员工，都应该严格遵守劳动法的规定。用人单位应合理安排员工的工作时间，确保员工的休息权得到保障；而员工也应积极维护自己的合法权益，对于不合理的加班要求或处罚措施，应及时提出异议并寻求法律帮助。

综上所述，加班超时不能只罚款不行政处罚，且直接罚款往往是违法的。用人单位应采取合法合规的手段来处理员工因违反规章制度而导致的加班超时问题。希望这个解答能够对您有所帮助。