针对企业超时加班，行政部门的处罚方式主要依据《劳动法》及相关法律法规进行。以下是对此问题的详细解答：

1. 处罚依据：

   • 根据《劳动法》第四十一条规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。若企业违反这一规定，即构成超时加班。
   • 行政部门，如劳动监察部门，有权依据上述法律规定对企业进行监督和检查，对超时加班行为进行处罚。

2. 处罚方式：

   • 警告：对于首次发现或情节较轻的超时加班行为，行政部门可能会给予企业警告，并要求其立即改正。
   • 罚款：若企业超时加班行为较为严重，或经警告后仍未改正，行政部门可以对企业处以罚款。罚款的具体数额通常根据超时加班的严重程度、持续时间以及对企业和员工造成的影响等因素来确定。
   • 其他行政处罚：在情节特别严重或造成恶劣影响的情况下，行政部门还可能采取吊销企业营业执照、责令停产停业等更为严厉的行政处罚措施。

3. 企业应对措施：

   • 为避免超时加班带来的法律风险，企业应严格遵守《劳动法》及相关法律法规的规定，合理安排员工的工作时间和休息时间。
   • 若因生产经营需要确需延长工作时间，应事先与工会和劳动者进行协商，并确保延长的工作时间符合法律规定的限制。
   • 同时，企业还应建立健全的加班管理制度，对加班申请、审批、执行和补偿等环节进行规范和管理。

综上所述，企业超时加班将面临行政部门的处罚，包括警告、罚款以及其他可能的行政处罚措施。因此，企业应严格遵守相关法律法规，合理安排员工的工作时间，避免超时加班行为的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。