未经批准的超时工作不视为加班的劳动合同约定，在特定情况下可能被认定为无效。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、劳动合同约定的效力与限制
劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的内容应当合法、公平、平等自愿、协商一致，并且不得违反法律、行政法规的强制性规定。因此，如果劳动合同中关于“未经批准的超时工作不视为加班”的约定违反了法律、行政法规的强制性规定，或者显失公平，那么该约定可能被认定为无效。
二、加班事实的认定
在劳动争议案件中，加班工资是劳动者与用人单位之间的一项多发的争议事项。实践中，不少用人单位对于加班都有明确的制度规定，例如“未经公司审批不算加班”等。然而，法院在审理此类案件时，并不会单纯以劳动合同中的约定或者用人单位的规章制度作为认定加班事实的唯一依据。法院会综合考虑劳动者是否受到公司或上级的指令、事后是否得到管理人员的确认、是否具有事实工作成果等因素，来综合认定是否存在加班事实。
三、具体案例分析
以一起劳动合同纠纷案为例，黄某是某信息科技公司的高级工程师，根据公司规章制度约定，若员工需要加班，应按照公司制度申请并获得许可，否则公司无需支付加班费。然而，黄某在未经公司审批的情况下加班，并提交了部门主管与公司老板之间的往来邮件，以及其与人事之间的聊天记录等证据，证明其确实存在加班且未调休的事实。最终，法院经审理认为，黄某的加班虽未经公司审批同意，但得到其上级主管和人事的确认，可以证明黄某确实存在加班且未调休的事实，用人单位应当支付加班费。
四、法律建议
对于劳动者：在确实需要加班的情况下，首先应当按照规章制度要求进行相应的申请和审批程序。当公司加班和调休制度过于苛刻时，要注意保留相关证据，如加班通知、工作记录、与上级的沟通记录等，为依法维权提供依据。
对于用人单位：出于生产经营需要，可以适当延长工作时间，但应当支付相应劳动报酬。为避免不必要地延长工作时间、不当增加企业用工成本，用人单位可以按照法律规定和规章制度合理行使用工管理权，对加班行为进行规范和管理。但相关规定经民主程序讨论确定并已向员工告知的，才可以作为该类加班争议的处理依据。尤其需要注意的是，用人单位不得利用自身优势地位刻意拒绝正常的加班申请、否认真实存在的加班事实，也不得制定过于苛刻的加班调休规定，通过名义上给予调休但实际很难执行的方式规避支付加班费的义务。
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