劳动合同中约定加班工资低于正常工资，该约定是无效的。这一结论主要基于以下几点法律分析和实际考量：
法律依据明确：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条，劳动合同中违反法律、行政法规强制性规定的条款无效。加班费的发放标准由《中华人民共和国劳动法》第四十四条明确规定，具体为：安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。因此，任何低于此标准的加班费约定均属无效。
加班费约定的无效性不影响劳动合同其他部分：
- 劳动合同部分无效并不影响其他部分的效力。这意味着，即使加班费的约定无效，劳动合同中关于工作岗位、工作地点、工资标准（除加班费部分外）等其他合法合理的条款仍然有效，双方需继续履行。
劳动者权益保护与实际操作建议：
- 劳动者有权要求用人单位按照法定标准支付加班费。若用人单位拒绝支付，劳动者可以通过向劳动行政部门投诉举报、申请劳动仲裁或提起诉讼等法律途径来维护自身合法权益。
- 在实际操作中，用人单位和劳动者在签订劳动合同时，应明确并合规地约定加班费的计算标准和支付方式，确保符合法律法规的要求。例如，可以明确约定加班工资的计算基数、计算方式和具体数额，并确保这些约定符合法律规定的加班工资支付标准。
- 用人单位应建立健全的加班管理制度，合理安排员工的工作时间，避免不必要的加班，并依法支付加班费，以保障双方的权益。
举例说明：
假设某劳动合同中约定，劳动者每月工资为5000元，其中包含加班工资1000元。但根据劳动者的实际加班情况，按照法定标准计算，其应得的加班工资为1500元。此时，劳动合同中关于加班工资的约定就低于了法定标准，因此该部分约定无效。劳动者有权要求用人单位按照法定标准补足差额，即支付额外的500元加班费。
综上所述，劳动合同中关于加班费的约定必须严格遵守法律规定。任何违反法律规定的加班费约定都是无效的，但这并不影响劳动合同其他部分的效力。劳动者应了解自己的权益，并在必要时通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。