劳动合同中约定加班费基数是最低工资标准，这一约定并不一定有效，其合法性需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
双方平等自愿、协商一致：若劳动合同中明确约定加班费计算基数为最低工资标准，且该约定是双方平等自愿、协商一致的结果，没有违反法律的强制性规定，也没有损害劳动者的合法权益，那么这种约定在形式上可能是合法的。但需注意，即便如此，若按照最低工资标准计算出的加班费低于法定最低加班费数额，该约定仍可能因违法而无效。
不违反法律强制性规定：加班费的计算应遵循《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，通常应基于劳动者的正常工作时间工资。如果以最低工资标准为基数计算出的加班费不低于法定最低加班费数额，且该约定未违反其他法律强制性规定，那么这种约定可能是合法的。但这种情况较为罕见，因为最低工资标准往往低于劳动者的正常工作时间工资。
不合法情形
违反法律强制性规定：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的规定，加班费的计算基数通常应为劳动者的正常工作时间工资。如果劳动合同中约定的加班费计算基数为最低工资标准，且按照该标准计算出的加班费低于法定最低加班费数额，那么这种约定是违法的，因此无效。
显失公平：
- 如果用人单位利用其优势地位或劳动者缺乏经验等情形，使劳动者在违背真实意思的情况下约定以最低工资标准作为加班费计算基数，且该约定明显对劳动者不利，那么这种约定可能因显失公平而被认定为无效。
低于正常工作时间工资：
- 劳动合同或集体合同中约定的加班费计算基数不应低于劳动者的正常工作时间工资。如果约定的基数低于正常工作时间工资，那么这种约定是违法的，因为加班费是劳动者额外劳动的报酬，其计算基数应合理反映劳动者的实际工资水平。
实际操作与建议
- 地区差异与政策：不同地区的最低工资标准和加班费规定可能有所不同。因此，在判断劳动合同中约定加班费基数是否合法时，需要结合当地的法律法规和政策文件进行具体分析。
- 劳动者权益保护：劳动者如认为自己的加班费计算方式存在问题，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助来维护自己的合法权益。同时，在签订劳动合同时，劳动者应仔细审查合同条款，确保加班费计算基数的约定符合法律法规的规定。
- 用人单位合规建议：用人单位在制定劳动合同和加班费政策时，应严格遵守相关法律法规的规定，确保劳动者的合法权益得到保障。避免利用优势地位或劳动者缺乏经验等情形来制定不合理的加班费计算基数约定。
综上所述，劳动合同中约定加班费基数是最低工资标准并不一定有效。其合法性需根据具体情况来判断，包括是否违反法律强制性规定、是否显失公平以及是否低于正常工作时间工资等因素。如果你对此问题仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。