合同中约定以最低薪资标准作为加班费的计算基数是不合法的，劳动者有权要求用人单位按照法定标准支付加班费。以下是对此问题的详细分析：
加班费的计算标准与基数
加班费计算标准：
- 根据《劳动法》及相关规定，加班费的支付标准有明确的法律条文进行规范。具体来说，安排劳动者延长工作时间的，需支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日安排劳动者工作且不能安排补休的，需支付不低于工资的200%的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，需支付不低于工资的300%的工资报酬。
加班费计算基数：
- 加班费的计算基数应首先依据劳动合同的约定来确定。若劳动合同中有明确约定的工资数额，该数额即为加班费的计算基数。若工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”等，则应以各项工资的总和作为基数计发加班费。
- 在劳动合同没有明确约定工资数额或约定不明确的情况下，应以实际工资（扣除加班费、伙食补助和劳动保护补贴等）作为计算基数。重要的是，加班费计算基数不得低于当地最低工资标准，但更关键的是，它应当反映劳动者的正常工作时间工资水平，而非仅仅以最低工资标准为限。
最低工资标准与加班费的关系
- 最低工资标准是劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。它是一个保障标准，旨在确保劳动者在正常工作情况下能够获得基本的生活费用。
- 然而，最低工资标准并非计算加班费的基数。加班费是对劳动者在正常工作时间之外付出额外劳动的补偿，其计算应当基于劳动者的正常工作时间工资，以体现对劳动者额外劳动的尊重和补偿。
违法情形与后果
- 如果合同中约定以最低薪资标准作为加班费的计算基数，且该约定导致劳动者实际获得的加班费低于法定标准，那么这种约定是违法的。它侵害了劳动者的合法权益，违反了《劳动法》及相关规定中关于加班费支付的标准和计算方式。
- 在这种情况下，劳动者有权要求用人单位按照法定标准支付加班费。若用人单位拒绝支付或支付不足，劳动者可以通过法律途径来维护自己的合法权益，如向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁等。
实际操作建议
- 审查合同条款：劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同中关于加班费计算基数的条款，确保其合法性和合理性。
- 保留证据：劳动者应保留好与加班相关的证据，如加班记录、工资单等，以便在需要时证明自己的加班情况和加班费支付情况。
- 及时维权：如果劳动者发现用人单位存在违法约定加班费计算基数的情况，应及时与用人单位沟通协商，要求其改正并支付相应的加班费。若协商无果，可及时向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁来维护自己的合法权益。
综上所述，合同中约定以最低薪资标准作为加班费的计算基数是不合法的。劳动者应了解自己的权益和法律规定，及时维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。