双方约定加班费计算标准低于基本工资与岗位工资、绩效工资总和的，该约定一般是无效的。以下从几个角度进行详细分析：

法律依据角度

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

1. 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
2. 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
3. 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

这里的“工资”通常指的是劳动者正常工作时间的工资，一般包括基本工资、岗位工资等固定组成部分，绩效工资如果属于劳动者正常工作时间的固定报酬部分，也应纳入计算基数。如果双方约定的加班费计算标准低于这一法定标准，那么该约定是违法的，因此无效。

合同效力角度

劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条的规定，下列劳动合同无效或者部分无效：

1. 以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的；
2. 用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的；
3. 违反法律、行政法规强制性规定的。

双方约定的加班费计算标准低于法定标准，实际上是用人单位在免除自己的法定责任，排除劳动者的权利，因此该约定是无效的。

实际操作角度

在实际操作中，如果劳动者发现用人单位约定的加班费计算标准低于法定标准，可以向用人单位提出异议，并要求按照法定标准支付加班费。如果用人单位拒绝支付，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动争议仲裁、诉讼等途径维护自己的合法权益。

特殊情况说明

虽然一般情况下双方约定的加班费计算标准低于法定标准是无效的，但也有一些特殊情况需要考虑。例如，如果双方约定的加班费计算标准虽然低于法定标准，但劳动者在签订劳动合同时已经明确知晓并接受了这一标准，且该标准并未显著低于当地同类岗位的平均水平，那么在实际操作中可能会存在一定的争议。然而，从法律原则和精神的角度来看，任何违反法律强制性规定的约定都是无效的，因此即使劳动者在签订合同时接受了这一标准，也不能改变其违法的性质。

建议：作为劳动者，在签订劳动合同时一定要仔细阅读合同条款，特别是关于加班费计算标准的部分。如果发现用人单位约定的加班费计算标准低于法定标准，一定要及时提出异议并要求修改。如果已经签订了这样的合同，也不要担心，可以通过法律途径维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。