劳务派遣协议中约定的工资包括加班费，其有效性需根据具体情况判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议可能有效的情形
双方自愿协商且内容合法：
- 若劳务派遣协议是用人单位与劳动者在平等自愿、充分协商的基础上达成的，且协议内容不违反法律法规的强制性规定，如加班费计算基数不低于当地最低工资标准，加班时长符合法律规定的上限，且加班费的支付比例符合法定要求（平时加班150%，周末加班200%，法定节假日加班300%），则该协议通常具有法律效力。
明确具体条款：
- 协议应对加班费相关事项有清晰明确的约定，包括加班的认定标准、加班费的计算方法、支付时间等。例如，明确规定“平时加班按照小时工资的150%计算加班费，加班时间以实际打卡记录为准，加班费在次月工资发放日一并支付”。这样的明确约定有助于减少纠纷，增强协议的有效性。
符合法律规定的形式要件：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，行为人需具有相应的民事行为能力，意思表示需真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。若劳务派遣协议满足这些形式要件，则其有效性得到进一步保障。
二、协议可能无效的情形
违反法律强制规定：
- 若协议约定的加班费计算基数过低，低于当地最低工资标准；或约定用人单位无需支付法定节假日加班费等，这些条款因违反法律强制性规定而无效。例如，某劳务派遣协议约定劳动者的月工资为2000元，其中包含加班费，但该地区最低工资标准为2200元/月，这样的约定就是无效的。
存在欺诈、胁迫等手段：
- 若用人单位通过欺诈、胁迫等手段使劳动者在违背真实意思的情况下签订协议，该协议无效。例如，用人单位欺骗劳动者说签订协议后会有高额奖金，但实际上协议内容是大幅降低加班费标准；或以辞退威胁劳动者签订不合理的加班费协议。
显失公平：
- 若协议内容明显对劳动者一方极不公平，如约定劳动者加班时间极长但加班费极低，与劳动者付出的劳动严重不匹配，这种情况下协议可能被认定无效。例如，某劳务派遣协议约定劳动者每周工作6天，每天工作10小时，但月加班费仅为200元，这样的约定显然显失公平。
三、实际执行与维权建议
- 执行问题：即便存在有效的加班费协议，若实际执行过程中用人单位未按照协议约定支付加班费，劳动者依然有权通过合法途径维护自身权益，要求用人单位补足加班费。
- 维权途径：劳动者可以先与用人单位协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
四、案例参考
- 有案例显示，尽管用人单位在规章制度中载明工资中含有加班工资，也主张给付的工资中已包含加班工资，但若无法阐述给付的加班工资的计算依据及方式，或薪资单中加班工资名目与劳动者加班情形不符，法院可能不予采信用人单位的主张，并判决用人单位支付加班费。
综上所述，劳务派遣协议中约定的工资包括加班费是否有效，需根据协议的具体内容、签订过程以及实际执行情况等因素综合判断。劳动者在签订协议时应仔细审查条款内容，确保自身权益得到妥善保护；在协议执行过程中如遇问题，应及时通过法律途径维权。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。