结论前置：劳动合同中约定以最低工资标准计算加班费，这种约定一般是不合法且无效的，用人单位应当按照法定标准支付加班费。以下从多个角度详细分析：
- 法律规定角度
- 根据我国《劳动法》第四十四条规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 这里所指的“工资”，是指劳动者在劳动合同中约定的正常工作时间工资标准，并非最低工资标准。最低工资标准是劳动者在法定工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬，它不能替代加班费的计算基数。所以，劳动合同中约定以最低工资计算加班费，违反了法律的强制性规定。
- 合同效力角度
- 依据《劳动合同法》第二十六条规定，下列劳动合同无效或者部分无效：
- 以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的；
- 用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的；
- 违反法律、行政法规强制性规定的。
- 劳动合同中约定以最低工资计算加班费，属于用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利以及违反法律强制性规定的情形，因此该约定无效。用人单位不能依据此无效约定来支付加班费，而应按照法定标准进行支付。
- 实际案例角度
- 在司法实践中，法院通常会支持劳动者要求用人单位按照法定标准支付加班费的诉求。例如，某劳动者与用人单位在劳动合同中约定加班费以最低工资为基数计算，后劳动者因加班费问题与用人单位产生纠纷并诉至法院。法院经审理认为，该约定违反了法律规定，判决用人单位按照劳动者正常工作时间工资标准支付加班费差额。
建议：如果您的劳动合同中有此类约定，且用人单位按照最低工资标准支付了加班费，您可以先与用人单位协商，要求其按照法定标准补足加班费差额。如果协商不成，您可以向当地劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，随时都可以问我。