结论前置：公司综合工时制下实行轮休，但轮休2天后要扣5天加班费的做法，很可能是不合法的。下面我将从法律角度详细分析这一问题。
一、综合工时制与加班费的基本规定
在综合工时制下，员工的平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。超出部分应视为延长工作时间，并按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付劳动者工资。若在法定节假日工作，则应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付工资。
二、轮休与加班费的关系
轮休本身并不应影响加班费的计算。轮休是公司为了合理安排员工工作时间、提高工作效率而采取的一种措施。然而，轮休并不意味着公司可以随意扣除员工的加班费。加班费是员工因超出法定工作时间工作而应得的报酬，与是否轮休无直接关联。
三、公司扣减加班费的可能违法性
违反劳动合同约定：如果劳动合同中明确规定了加班费的计算方式和支付标准，公司擅自扣减加班费可能构成违约。
违反劳动法规定：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，公司应按时足额支付员工工资，包括加班费。扣减加班费可能违反这一规定。
侵犯员工权益：扣减加班费实际上是在侵犯员工的合法权益，员工有权要求公司按照法律规定和劳动合同约定支付加班费。
四、员工应如何维权
与公司协商：首先，员工可以尝试与公司进行协商，要求公司按照法律规定和劳动合同约定支付加班费。
申请劳动仲裁：如果协商无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司支付被扣减的加班费。
提起诉讼：如果对劳动仲裁结果不满意，员工还可以向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
五、建议与提醒
保留证据：员工在维权过程中应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、加班记录等，以便在需要时提供证明。
及时咨询：如果员工对公司的做法有疑问或不确定自己的权益是否受到侵犯，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。
合法维权：员工在维权过程中应遵守法律法规，通过合法途径维护自己的权益，避免采取过激行为。
总结：公司综合工时制下实行轮休，但轮休2天后要扣5天加班费的做法很可能不合法。员工应了解自己的权益和法律规定，通过合法途径维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。