综合工时制下，休息日加班原则上无需支付二倍工资，但需满足“周期内总工时未超标”这一核心前提。若总工时超标，超出部分需按150%支付加班费；若涉及法定节假日加班，则必须支付300%工资。 以下是具体分析：

1. 综合工时制的本质：以周期总工时为核心

综合工时制是将劳动者的工作时间在一个周期内（如周、月、季、年）综合计算，只要周期内总工时不超过法定标准（如月166.64小时），即使某日或某周工作超时，也不视为加班。因此，休息日工作本身不直接触发二倍工资，这是与标准工时制（每日8小时、每周40小时）的核心区别。

2. 总工时超标的处理：超出部分按150%支付

若周期内总工时超过法定标准，超出部分需按150%支付加班费（含休息日工作时长）。例如：

• 月周期内法定总工时为166.64小时，若劳动者实际工作180小时，则超出13.36小时需按150%支付；
• 计算方式：超出工时×小时工资×150%（小时工资=月工资÷21.75÷8）。

3. 法定节假日加班的特殊规则：必须支付300%工资

无论综合工时制下总工时是否超标，法定节假日（如春节、国庆）工作均需按300%支付工资，且不得用补休替代。例如：

• 劳动者在国庆节工作1天，即使当月总工时未超标，也需按日工资×300%支付；
• 日工资=月工资÷21.75。

4. 实务中的关键证据：工时记录与周期核算

劳动者需保留以下证据以维护权益：

• 工时记录：如考勤表、打卡记录、工作排班表等，证明实际工作时间；
• 周期核算依据：要求用人单位提供周期内总工时计算方式，确认是否超标；
• 工资条：核对加班费是否按150%或300%支付，避免漏发。

5. 用人单位的常见违法情形

• 混淆“休息日”与“法定节假日”：将法定节假日加班按150%支付；
• 周期核算错误：故意缩短周期（如按周而非按月计算）以规避超时加班费；
• 未公示综合工时制：未经劳动行政部门审批擅自实行综合工时制，需按标准工时制支付加班费。

建议：若发现用人单位未依法支付加班费，可先与单位协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如有具体工时记录或工资条等证据，可进一步向我咨询计算细节。