在综合工时制下，休息日的计算与安排是一个涉及劳动者权益保护的重要问题。以下是对这一问题的详细解答：
一、综合工时制的基本特点
综合工时制是一种因工作特殊需要或受自然条件限制，无法实行标准工时制度，而采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。这种制度的特点在于其灵活性，允许在某一时段内的工作时间超过标准工时，但在整个周期内应保持平衡，不超过法定标准工作时间总数。
二、休息日的保障
每周至少休息一日： 根据《中华人民共和国劳动法》第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。这是法律对劳动者休息权益的基本保障，综合工时制也不例外。尽管综合工时制没有固定的双休日安排，但劳动者每周至少应有一天的时间用于休息和恢复体力。
带薪年休假： 除了每周的休息日外，实行综合工时制的劳动者还享有带薪年休假的权利。根据《职工带薪年休假条例》，连续工作满一年的职工有权享受带薪年休假，天数根据累计工作年限的不同而有所差异（满1年不满10年为5天，满10年不满20年为10天，满20年为15天）。
三、加班与补偿
加班时间的核算： 在综合工时制下，如果劳动者在休息日或法定节假日被安排工作，且不能安排补休的，这部分时间应视为加班时间。加班时间的核算需根据综合计算周期内的总工时与标准工时的差额来确定。
加班补偿的标准：
四、具体计算方法示例
假设某企业实行以月为周期的综合计算工时制，员工当月实际工作小时数超过了月标准工时上限（如166.64小时），则超出的部分即为加班时间。若其中包含法定节假日工作的小时数，则需额外按300%的标准支付该时段的加班费。企业可以安排员工在其他时间段调休剩余的加班时长，或按规定支付加班费。
五、注意事项
程序合规性： 实施综合工时制前，企业须经劳动行政部门审批，并在劳动合同中明确约定工时制度、休息日安排及加班补偿等相关条款。
记录保存： 企业应完整留存考勤数据，作为处理劳动争议的依据。这有助于确保劳动者的权益得到切实保障，并在发生争议时提供有力的证据支持。
健康保护： 在安排工作时，企业应充分考虑劳动者的身心健康和工作生活平衡，避免过度集中工作对劳动者造成损害。合理安排工作与休息时间，有助于促进企业的可持续发展和劳动关系的和谐稳定。
综上所述，综合工时制下的休息日计算与安排需严格遵守法律法规，确保劳动者的基本休息和休假权利得到切实保障。企业应合理安排工作与休息时间，依法提供带薪年休假和加班补偿，以促进劳动关系的和谐稳定。