在综合工时制下，年休假以及休息日的计算与安排是一个涉及劳动者权益的重要问题。以下是对这一问题的详细解答：

一、综合工时制的基本特点

综合工时制是一种灵活的工时制度，它允许用人单位根据工作特殊需要或受自然条件限制，以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间。这种制度下，劳动者的工作时间可能不是固定的每日8小时或每周40小时，但在整个计算周期内，应确保劳动者的总工作时间不超过法定标准工作时间总数。

二、休息日的安排

1. 每周至少休息一日： 根据《中华人民共和国劳动法》第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。这是法律对劳动者休息权益的基本保障，综合工时制也不例外。尽管综合工时制没有固定的双休日安排，但劳动者每周至少应有一天连续的休息时间。

2. 灵活安排休息日： 综合工时制允许用人单位根据生产需求灵活安排工作日与休息日。这意味着，用人单位可以在保证劳动者每周至少休息一日的前提下，根据工作实际情况调整休息日的具体安排。

三、带薪年休假的计算

1. 年休假天数： 根据《职工带薪年休假条例》，连续工作满一年的职工有权享受带薪年休假。年休假天数根据累计工作年限的不同而有所差异：满1年不满10年为5天，满10年不满20年为10天，满20年为15天。

2. 年休假与综合工时制的关系： 带薪年休假是劳动者依法享有的权利，不受工时制度的影响。因此，在综合工时制下，劳动者同样享有带薪年休假的权利。用人单位应按照法律规定，根据劳动者的工作年限和实际情况，合理安排年休假。

3. 年休假期间的工资支付： 劳动者在年休假期间，用人单位应按照其正常工资标准支付工资。这是法律对劳动者年休假权益的保障。

四、加班与补休

1. 加班时间的核算： 在综合工时制下，如果劳动者在休息日或法定节假日被安排工作，且不能安排补休的，用人单位需按照法律规定支付加班工资。具体为：休息日工作的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定节假日工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

2. 补休的安排： 如果劳动者在休息日工作，用人单位应优先安排补休。补休的时间应与加班的时间相对应，以确保劳动者的休息权益得到保障。

五、建议与注意事项

1. 用人单位应严格遵守法律法规： 用人单位在制定综合工时制方案时，应充分考虑劳动者的身心健康和工作生活平衡，合理安排工作与休息时间。同时，应确保劳动者的休息和休假权利不受减损，严格遵守相关法律法规。

2. 劳动者应了解自己的权益： 劳动者应了解自己在综合工时制下的休息和休假权利，包括每周至少休息一日、带薪年休假以及加班补偿等。如果用人单位违反相关法律法规或劳动合同约定，劳动者有权向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。

3. 保持沟通与协商： 用人单位与劳动者之间应保持沟通与协商，共同制定合理的工作与休息计划。这有助于促进企业的可持续发展和劳动关系的和谐稳定。

综上所述，综合工时制下的年休假和休息日计算与安排是一个复杂而重要的问题。用人单位应严格遵守法律法规，确保劳动者的休息和休假权利得到保障；劳动者也应了解自己的权益，并在必要时寻求法律援助。