关于综合工时休假怎么算的问题，这主要涉及到综合计算工时工作制下的工作时间、加班以及年休假等多个方面。下面我将为您详细解析：

一、综合计算工时工作制的基本规定

综合计算工时工作制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的部分职工，采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。在这种制度下，劳动者的实际工作时间总数在综合计算周期内应相当于标准工时制下的总工作时间，即每日8小时、每周40小时。若超过这个标准，则视为延长工作时间，需要按照法定标准支付加班工资。

二、综合计算工时工作制的休假计算

1. 周期时长确定：

   • 以周为周期：总工时不超过40小时；
   • 以月为周期：总工时不超过166.64小时（按每月20.83天×8小时计算）；
   • 以季度为周期：总工时不超过500小时；
   • 以年为周期：总工时不超过2000小时。

2. 加班时间核算：

   • 超出上述周期标准的工时数即为加班时间；
   • 法定节假日工作按300%标准支付加班费；
   • 休息日工作且无法补休的，按200%标准支付加班费。

3. 休假安排：

   • 用人单位需根据生产需求灵活安排工作日与休息日，但需确保劳动者每周至少享受一天连续休息时间；
   • 劳动者依法享有法定节假日的带薪休假权利，若节假日恰逢工作日，用人单位应优先安排补休或支付加班费。

三、综合工时制下的年休假规定

1. 享受年休假的条件：

   • 无论采用何种工时制度，职工只要连续工作满12个月以上，即有权享受带薪年休假。此“连续工作”不仅限于在同一用人单位，也包括在不同用人单位的工作时间累计。

2. 年休假天数的计算与安排：

   • 累计工作已满1年不满10年的，年休假为5天；
   • 已满10年不满20年的，年休假增加到10天；
   • 满20年以上的，年休假为15天。
   • 年休假可在1个年度内集中使用，也可分段安排，但一般不得跨年度安排。特殊情况下，因工作需要确需跨年度安排的，应确保职工的年休假权益不受影响。

3. 未休年休假的补偿：

   • 对于应休未休的年休假天数，用人单位应按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬，这包含了职工正常工作期间的工资收入。

四、注意事项

1. 程序合规性：实施综合计算工时工作制前，须经劳动行政部门审批，并在劳动合同中明确约定；
2. 记录保存：用人单位应完整留存考勤数据，作为争议处理依据；
3. 健康保护：在安排工作时，应避免过度集中工作损害劳动者身心健康。

综上所述，综合工时休假计算涉及多个方面，包括周期时长的确定、加班时间的核算、休假安排以及年休假规定等。用人单位在实施综合计算工时工作制时，应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到充分保障。