在综合工时制下，法定节假日休息是不算作工时的，这是员工的合法权益。以下是对这一问题的详细分析：
一、综合工时制的特点
综合工时制是一种特殊的工作时间安排制度，它允许在一定周期（如周、月、季、年）内总工作时间超过标准工作时间，但要求平均工作时间不超过法定标准。这种制度为用人单位提供了更大的灵活性来安排员工的工作时间，但同时也需要确保员工的合法权益不受侵害。
二、法定节假日的法律地位
法定节假日是国家法律规定的全民休息日，旨在保障劳动者的休息权益。这些节日具有特殊的法律地位和意义，不受综合工时制等灵活工作安排制度的影响。因此，在综合工时制下，法定节假日仍然独立于灵活工作安排之外，员工享有法定的休息权利。
三、法定节假日在综合工时制下的处理
休息情况：在综合工时制下，法定节假日员工休息是常态，这部分时间不计入综合计算周期的正常工作时长中。员工无需通过补休来弥补这部分时间，因为法定节假日本身就是他们的休息时间。
加班情况：如果用人单位在法定节假日安排员工工作，那么这部分时间应被视为加班。根据《劳动法》的相关规定，用人单位需要按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付加班工资。这是法律的明确规定，旨在保障劳动者在特殊时间工作能获得相应的额外补偿。
四、实例说明
假设某企业实行以月为周期的综合计算工时制，正常月工时标准为166.64小时（基于每周工作40小时推算）。若劳动者在法定节假日（如春节）期间休息了3天，这3天不计入166.64小时的正常工作时间内，且无需通过补休来弥补。如果用人单位在这3天中安排了劳动者工作，那么需要按照法律规定支付加班费。
五、建议与注意事项
了解企业内部规章制度：虽然法定节假日的休息是员工的合法权益，但具体补休政策或加班费支付标准可能因企业内部规章制度而有所不同。因此，建议员工在入职时详细了解并确认相关条款。
保留加班证据：如果用人单位在法定节假日安排了员工工作，员工应保留好相关证据（如加班通知、工作记录等），以便在需要时维护自己的合法权益。
及时咨询与维权：如果员工对用人单位在法定节假日的休息或加班安排有疑问或不满，应及时向用人单位提出并寻求解决方案。如果无法达成一致，可以向当地劳动部门投诉或寻求法律援助。
综上所述，在综合工时制下，法定节假日的休息通常不需要补休，这是员工的合法权益。但如果存在特殊情况导致员工在法定节假日期间进行了加班工作，那么用人单位应当根据相关法律法规和内部规章制度的规定支付加班费。如果你在这方面有任何疑问或困惑，可以直接向我咨询。