在综合工时工作制下，员工休息日加班的工资计算是一个相对复杂但关键的问题，它直接关系到员工的切身利益。以下是对这一问题的详细解答：
一、综合工时制的基本原则
综合工时制是一种特殊的工时制度，它允许以一定的周期（如周、月、季、年）为单位综合计算工作时间。其核心在于，尽管具体的工作安排可能灵活多变，但劳动者的平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。这意味着，在综合计算周期内，劳动者的总工作时间不应超过法定标准工作时间。
二、休息日加班工资的计算方式
未超过法定标准工作时间的情况：
- 在综合计算周期内，如果劳动者的实际工作时间总数没有超过该周期的法定标准工作时间总数，那么即使其中的某些休息日被安排工作，用人单位也无需支付休息日加班工资。
- 例如，以月为周期，若某员工的月累计工作时间未超过法定的166.64小时（20.83天×8小时/天），即使在休息日工作了，也不产生加班费。
超过法定标准工作时间的情况：
- 如果劳动者在综合计算周期内的实际工作时间超过了法定标准工作时间，那么超出部分应被视为延长工作时间。
- 用人单位需按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资。
- 计算公式：延长工作时间的加班工资 = 月工资收入÷（月计薪天数21.75×8小时）×超出法定标准工作时间×150%。
法定节假日工作的情况：
- 无论综合计算周期内的工作时间是否超过法定标准工作时间，只要劳动者在法定节假日工作，用人单位都应按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
- 计算公式：法定节假日加班工资 = 月工资收入÷月计薪天数21.75×法定节假日工作天数×300%。
三、注意事项与法律保障
明确综合计算周期：
- 综合计算周期是综合工时制的核心，所有加班费的计算都基于这个周期。因此，用人单位和劳动者应明确周期的开始和结束时间。
保留加班证据：
- 加班事实的认定是获取加班费的关键。劳动者应妥善保留加班审批表、考勤记录、工作记录等证据，以便在出现劳动纠纷时维护自身权益。
遵守法律法规：
- 用人单位应严格按照法律法规执行综合工时制，确保劳动者的合法权益得到保障。如拒绝支付加班费，劳动者有权申请劳动仲裁或向法院起诉。
四、实例说明
假设某员工采用月为周期的综合工时制，月工资为6000元，月计薪天数为21.75天。
- 若该员工月累计工作时间未超过166.64小时，即使在休息日工作了，也不产生加班费。
- 若该员工月累计工作时间超过了166.64小时，超出部分按150%支付加班工资。例如，超出10小时，则加班工资为：6000÷（21.75×8）×10×150% ≈ 517.24元。
- 若该员工在法定节假日工作了1天，则法定节假日加班工资为：6000÷21.75×1×300% ≈ 827.59元。
综上所述，综合工时制下的休息日加班费计算方式相对复杂，但只要明确了综合计算周期、法定标准工作时间以及加班事实的认定，就能准确计算出应支付的加班费。用人单位和劳动者都应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到充分保护。