关于休息日让员工加班的工资计算问题，这确实是一个涉及劳动者权益的重要话题。根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，休息日加班工资的计算方式主要依据工作制度的不同而有所差异。下面，我将为您详细解释不同情况下的加班工资计算方法。

一、一般情况下的休息日加班工资计算

在大多数情况下，如果用人单位在休息日安排劳动者工作，并且不能安排补休，那么需要支付不低于工资百分之二百的工资报酬。具体计算方法如下：

1. 确定月工资基数：

   • 月工资基数通常按照劳动合同约定的劳动者本人工资标准确定。
   • 如果劳动合同没有约定，则按照集体合同约定的加班工资基数及休假期间工资标准确定。
   • 月工资基数不得低于当地最低工资标准，且不包括年终奖、交通补贴、工作餐补贴等特殊情况下支付的工资。

2. 计算日工资：

   • 日工资 = 月工资基数 ÷ 月计薪天数（一般为21.75天，这是基于每年365天、扣除52个周末后的平均计薪日数）。

3. 计算加班工资：

   • 加班工资 = 日工资 × 200% × 加班天数。

实例说明： 假设员工小李月工资为5000元，在某休息日加班一天且未获补休。其日工资为5000 ÷ 21.75 ≈ 230元，因此这一天的加班工资为230 × 200% × 1 = 460元。

二、特殊工作制下的休息日加班工资计算

对于实行特殊工作制的岗位，如不定时工作制和综合计算工时工作制，加班工资的计算方式有所不同。

1. 不定时工作制：

   • 在此制度下，劳动者在休息日工作通常不享有加班工资。
   • 但需注意，实行不定时工作制需经过劳动行政部门的审批，企业不可自行决定。
   • 仅在法定休假日工作时，需按不低于日或小时工资标准的300%支付工资报酬。

2. 综合计算工时工作制：

   • 在此制度下，若计算周期内总的实际工作时间超过法定标准工作时间，超出部分视为延长工作时间，用人单位应按不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资。
   • 若在法定休假日安排劳动者工作，则需按不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
   • 若综合计算周期内实际工作时间未超法定标准，但包含休息日工作的，不视为加班，无需支付休息日加班工资。
   • 同样，实行综合计算工时工作制也需经劳动行政部门审批。

三、重要注意事项

• 补休与加班费的选择：用人单位在休息日安排劳动者延长工作时间后，如果能够安排补休，则无需支付加班费。但如果不能安排补休，则必须按规定支付加班工资。
• 加班事实的认定：加班事实的认定是获取加班费的关键。员工应妥善保留加班审批表、考勤记录、工作记录、与加班相关的聊天记录、电子邮件等证据，以便在出现劳动纠纷时维护自身权益。
• 法律途径：如果用人单位拒绝支付加班费，劳动者有权申请劳动仲裁，对仲裁裁决不服的还可以向法院起诉。

综上所述，休息日加班工资的计算需根据具体情况而定，用人单位应严格按照法律规定执行，以保障劳动者的合法权益。同时，员工也应积极了解相关规定，妥善保留加班证据，以维护自身权益。希望这些信息能对您有所帮助！