在综合计算工时工作制下，加班工资的计算确实是一个涉及多个方面的复杂问题，但我会尽量以清晰、有条理的方式为您解释。

一、综合计算工时工作制的基本概念

综合计算工时工作制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。在这种制度下，员工的平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同，但在综合计算周期内，某一具体日或周的实际工作时间可以超过8小时或40小时，只要总实际工作时间不超过总法定标准工作时间即可。

二、加班工资的计算基础与原则

1. 加班认定：在综合计算周期内，员工实际工作时间超过法定标准工作时间的部分视为加班。若某个具体日或周的工作时间超标，但综合计算周期内总工作时间未超标，则一般不视为加班。

2. 工资基数：加班工资的计算基数为劳动者本人的小时工资，计算公式通常为：月工资收入 ÷ 月计薪天数（通常为21.75天）÷ 8小时。这个基数是计算加班工资的基础。

三、加班工资的具体计算方法

1. 工作日延长工作时间加班：

   • 加班工资计算公式：\(加班工资 = 小时工资基数 \times 150\% \times 延长工作小时数\)
   • 示例：若员工月工资为6000元，小时工资基数约为34.48元（6000÷21.75÷8），在某工作日延长工作时间2小时，则加班工资为\(34.48 \times 150\% \times 2 = 103.44\)元。

2. 休息日加班（若不能安排补休）：

   • 加班工资计算公式：\(加班工资 = 小时工资基数 \times 200\% \times 休息日加班小时数\)
   • 示例：若员工小时工资基数为30元，在某休息日加班8小时，则加班工资为\(30 \times 200\% \times 8 = 480\)元。
   • 注意：在综合计算工时制下，由于已经考虑了工作时间的灵活性，因此一般不安排调休来替代加班工资，除非用人单位与员工之间有特别约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定。

3. 法定节假日加班：

   • 加班工资计算公式：\(加班工资 = 小时工资基数 \times 300\% \times 法定节假日加班小时数\)
   • 示例：若员工小时工资基数为35元，在某法定节假日加班6小时，则加班工资为\(35 \times 300\% \times 6 = 630\)元。

四、相关注意事项

1. 证据保存：劳动者应妥善保存加班证据，如考勤记录、工作记录等，以备劳动争议时使用。

2. 合同约定与企业规章制度：用人单位与劳动者可在劳动合同中明确加班工资的计算方式，但不得违反法律法规的强制性规定。同时，企业规章制度也应符合相关法律法规的要求。

3. 延长工作时间限制：每月延长工作时间不得超过36小时，这是法律法规的强制性规定。超时部分仍应按150%计算加班工资。

4. 特殊行业规定：特殊行业、企业和工作岗位可能实行不同的综合工时制规定。在计算加班工资时，需考虑当地实际情况和相关规定，确保计算结果的合法性和准确性。

综上所述，综合计算工时工作制下的加班工资计算需根据劳动者的实际工作时间、加班类型以及小时工资基数来确定，并应严格遵守相关法律法规的规定。希望这个解释能帮助您更好地理解综合计算工时工作制下的加班工资计算方法。