结论：公司实行综合工时制，50%以上都算作加班费这一做法是否合理，不能一概而论，需要结合具体的加班时长、工资基数以及当地劳动法规来综合判断。以下从几个方面进行详细分析：
一、综合工时制的加班费计算原则
在综合工时制下，加班费的计算并非简单地以超过标准工时的部分都按加班费计算。而是需要先确定一个综合计算周期（如周、月、季、年等），在这个周期内，员工的总工作时间如果超过了法定标准工作时间（如月标准工作时间为167.4小时，具体根据当地规定可能有所不同），那么超出的部分才应当视为加班，并按照相应的加班费标准支付。
二、加班费的具体计算方式
工作日加班：如果员工在综合计算周期内的工作日加班，加班费通常按照不低于劳动合同规定的员工本人小时工资标准的150%支付。
休息日加班：如果员工在综合计算周期内的休息日加班，且不能安排补休的，加班费按照不低于劳动合同规定的员工本人日或小时工资标准的200%支付。但需要注意的是，在综合工时制下，休息日加班并不一定都产生加班费，因为综合工时制已经考虑了工作时间的灵活性。关键在于总工作时间是否超过了法定标准工作时间。
法定节假日加班：无论实行何种工时制度，员工在法定节假日加班的，都应当按照不低于劳动合同规定的员工本人日或小时工资标准的300%支付加班费。
三、关于“50%以上都算作加班费”的合理性分析
如果“50%以上”指的是综合计算周期内总工作时间超过法定标准工作时间的比例：那么这种说法可能过于简化。因为加班费的计算不是简单地以超过的比例来确定的，而是需要具体计算超出的小时数，并按照相应的标准支付加班费。
如果“50%以上”指的是某种特定情况下的加班时长占比：比如，在某个具体的加班情况下，员工加班的时长超过了其正常工作时长的一半以上，那么这并不意味着这部分加班时长都应当按照加班费的标准支付。关键还是在于总工作时间是否超过了法定标准工作时间，以及加班的具体情况（如工作日、休息日还是法定节假日）。
四、法律建议
核实综合工时制的批准文件：公司实行综合工时制需要经过当地劳动行政部门的批准，员工可以要求公司出示相关批准文件，以确认公司是否合法实行综合工时制。
了解加班费计算方式：员工应当了解公司具体的加班费计算方式，包括加班费的基数、计算周期、计算标准等，以确保自己的权益得到保障。
保留加班证据：员工在加班时应当保留相关证据，如加班通知、加班记录、工作成果等，以便在发生争议时能够证明自己的加班情况。
咨询专业律师：如果员工对公司的加班费计算方式有疑问或认为自己的权益受到侵害，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。
综上所述，公司实行综合工时制时，加班费的计算并非简单地以超过标准工时的部分都按加班费计算。而是需要结合具体的加班时长、工资基数以及当地劳动法规来综合判断。如果员工对此有疑问或认为自己的权益受到侵害，建议及时咨询专业律师以维护自己的合法权益。