综合工时制对员工确实存在一些不利因素，其中加班费计算方式的变化是员工普遍关心的问题，综合工时制下加班费不一定会少算，但计算方式与标准工时制不同，可能导致员工在某些情况下实际获得的加班费减少。以下是对这一问题的详细分析：
综合工时制对员工的不利因素
工作时间灵活性带来的不确定性：
- 综合工时制允许企业根据生产需要，在一段时间内灵活安排员工的工作时间，包括加班和调休。这种灵活性可能导致员工的工作时间不稳定，难以预测和规划个人生活。
加班费计算方式的复杂性：
- 在综合工时制下，加班费的计算不再简单地基于每日或每周的工作时间超出部分。而是根据一个综合计算周期（如月、季、年）内的总工作时间与法定标准工作时间的比较来确定。这可能导致员工对加班费的计算感到困惑，甚至在某些情况下实际获得的加班费减少。
休息日加班的特殊性：
- 在综合工时制下，休息日加班不一定能获得双倍工资。只有当员工在综合计算周期内的总工作时间超过法定标准工作时间时，超出部分才被视为加班，并按照相应的比例支付加班费。如果员工在休息日工作但未超过综合计算周期内的总工作时间限制，则可能无法获得额外的加班费。
加班费计算方式的变化
标准工时制下的加班费计算：
- 在标准工时制下，员工每日工作时间不超过8小时，每周工作时间不超过40小时。超出部分被视为加班，并按照不同的比例（如平日1.5倍、休息日2倍、法定节假日3倍）支付加班费。
综合工时制下的加班费计算：
- 在综合工时制下，加班费的计算是基于一个综合计算周期内的总工作时间与法定标准工作时间的比较。例如，如果以月为综合计算周期，法定标准工作时间为166.64小时（20.83天×8小时/天）。如果员工在这个月内工作了200小时，那么超出部分33.36小时（200小时-166.64小时）将被视为加班，并按照相应的比例支付加班费。但需要注意的是，这里的加班费比例可能只针对超出法定标准工作时间的部分，而休息日工作但未超出综合计算周期内总工作时间限制的部分，可能不计算为加班。
法律建议
了解并确认工时制度：
- 员工在入职前应详细了解并确认企业采用的工时制度。如果企业采用综合工时制，员工应明确自己的工作时间安排和加班费计算方式。
保留工作记录：
- 员工应保留好自己的工作记录，包括工作时间、加班情况等。这些记录在发生劳动纠纷时可以作为证据，维护自己的合法权益。
及时咨询与维权：
- 如果员工对加班费的计算有疑问或认为自己的权益受到侵害，应及时向企业的人力资源部门或工会咨询，并寻求法律帮助。如有需要，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。
关注政策变化：
- 员工应关注国家和地方关于工时制度和加班费计算的政策变化，确保自己的权益得到及时保障。
综合工时制对员工确实存在一些不利因素，特别是在加班费计算方面。但通过了解相关法律法规、保留工作记录、及时咨询与维权以及关注政策变化等措施，员工可以更好地维护自己的合法权益。