综合工时制下，只有当实际工作时间超过法定标准工作时间时，才需要支付加班费。具体来说，加班费的支付分为两种情况：一是延长工作时间的加班费；二是法定节假日的加班费。以下是对这两种情况的详细解释：
一、延长工作时间的加班费
在综合计算周期内（如周、月、季、年），如果劳动者的实际工作时间总数超过了该周期的法定标准工作时间总数，超出部分视为延长工作时间，即加班。此时，用人单位应支付不低于劳动者本人小时工资150%的加班工资。
计算公式：
示例： 假设某员工实行以月为周期的综合工时制，月工资为6000元，该月法定标准工作时间为166.64小时（20.83天×8小时），实际工作了180小时。
二、法定节假日的加班费
如果劳动者在法定节假日工作，无论是否属于综合计算周期内的加班，用人单位都应按照不低于劳动者本人小时工资300%的标准支付加班工资。法定节假日的加班费不能以补休替代，必须支付现金。
计算公式：
示例： 假设上述员工在法定节假日工作了1天。
三、其他注意事项
总结与建议：
综合工时制下的加班费计算需综合考虑法定标准工作时间、实际工作时间、法定节假日以及双方约定的计算方式等多个因素。用人单位应严格遵守相关法律法规的规定，确保员工的合法权益得到保障。如果您在综合工时制下遇到了加班费支付的问题，或者对加班费的计算有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。