在综合工时制下，超过法定标准工作时间的部分应计算为加班，并按照以下规则支付加班费：

1. 综合工时制的基本规定
   综合工时制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业，采用以周、月、季、年为周期综合计算工作时间的一种工时制度。其核心在于“周期内总工时”的合法性，而非单日或单周是否超过8小时/40小时。

2. 加班费的计算规则

   • 周期内总工时未超标：若在一个综合计算周期内（如月、季），总实际工作时间未超过法定标准工作时间（如月标准166.64小时，季标准500小时），则无需支付加班费。
     
   • 周期内总工时超标：若总实际工作时间超过法定标准，超出部分视为加班，需支付加班费：
     
     • 工作日延长：超出部分按不低于工资的150%支付；
       
     • 休息日工作：若周期内某日为休息日但未安排补休，且总工时已超标，超出部分按200%支付；
       
     • 法定节假日工作：无论总工时是否超标，均按300%支付加班费。
       

3. 举例说明
   假设某企业实行以月为周期的综合工时制，员工月标准工作时间为166.64小时：

   • 若员工当月实际工作180小时，超出13.36小时，其中：
     
     • 若包含法定节假日工作（如1天8小时），则该8小时按300%支付，剩余5.36小时按150%支付；
       
     • 若无法定节假日工作，则全部13.36小时按150%支付。
       
   • 若员工当月实际工作160小时，未超标，则无需支付加班费。

4. 注意事项

   • 审批程序：企业实行综合工时制需经劳动行政部门审批，否则仍需按标准工时制支付加班费。
     
   • 补休替代：休息日工作的加班，企业可优先安排补休，无法补休的再支付加班费。
     
   • 证据留存：企业需保留考勤记录、工资支付凭证等证据，以备劳动争议时举证。

建议：若您所在企业实行综合工时制，或您对加班费计算有疑问，可直接向我咨询具体案例或地区政策差异，我会结合您的实际情况提供详细解答。