在综合计算工时工作制下，当年度加班时间超过360小时时，加班费的计算需遵循特定的方法和标准。以下是一个详细且有条理的解答：

一、核心要点

1. 综合计算工时工作制：这种工作制适用于因工作性质特殊或受季节、自然条件限制而需连续作业的情况。它以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，而非按照标准工时制每日8小时、每周40小时来计算。

2. 加班费计算基础：加班费的计算基于法定标准工作时间与实际工作时间的差额，以及特定的支付比例。

二、计算方法

1. 确定小时工资：

   • 小时工资 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数（21.75天）÷ 8小时。这是计算加班费的基础，确保加班费的计算与员工的实际工资水平相匹配。

2. 确定法定标准工作时间：

   • 以年为例，年法定标准工作时间通常约为2000小时（具体值可能因地区或政策而略有差异）。这是衡量员工是否加班的基准。

3. 统计实际工作时间：

   • 记录并统计在综合计算周期内（如一年）劳动者的实际工作小时总数。这是计算加班时间的关键数据。

4. 计算加班时间：

   • 实际工作时间超过法定标准工作时间的部分即为加班时间。例如，如果员工一年实际工作了2360小时，那么加班时间就是2360小时 - 2000小时 = 360小时（但此处我们讨论的是超过360小时的情况，即实际加班时间更多）。

三、加班费计算标准

1. 平时加班（非法定节假日）：

   • 支付比例：150%。
   • 计算公式：加班费 = 小时工资 × 150% × 超出法定工作时间的小时数（即超过2000小时的部分）。

2. 法定节假日加班：

   • 支付比例：300%。
   • 计算公式：加班费 = 小时工资 × 300% × 法定节假日加班的小时数。这部分加班费不受综合计算周期的限制，无论是否在周期内，均需支付。

四、具体计算示例

假设某员工月工资为6000元，年综合工时制的计算周期为一年，实际工作了2400小时（即加班400小时，其中可能包含法定节假日加班）。

1. 小时工资：

   • 6000元 ÷ 21.75天 ÷ 8小时 ≈ 34.48元/小时。

2. 延长工作时间加班费（非法定节假日）：

   • 假设其中350小时为非法定节假日加班，则加班费 = 34.48元/小时 × 150% × 350小时 = 18099元。

3. 法定节假日加班费：

   • 假设剩余50小时为法定节假日加班，则加班费 = 34.48元/小时 × 300% × 50小时 = 5172元。

4. 总加班费：

   • 18099元 + 5172元 = 23271元。

五、重要注意事项

1. 加班时长限制：虽然综合计算工时制允许在某一时段内超过标准工作时间，但应尽量避免过度加班，以保护劳动者的身心健康。月平均加班时间通常不得超过36小时，但年度总加班时间可能因工作性质而有所突破，不过仍需遵守相关法律法规和劳动保护规定。

2. 休息休假权利：实行综合计算工时工作制的，用人单位应保障职工的休息休假权利，确保员工有足够的休息时间。

3. 地域差异：各地对于综合计算工时制的具体规定和执行细节可能存在差异，实际操作中应以当地劳动法律法规为准。

4. 合规性要求：企业需经劳动部门批准后实施综合计时制，未获批而自行采用的，可能被认定为标准工时制并面临法律风险。

综上所述，综合计算工时工作制下的加班费计算方法和标准清晰明了，旨在确保劳动者的合法权益得到妥善保护。在实际操作中，用人单位应严格遵守相关法律法规，确保加班费的正确计算和支付。