关于综合计算工时制度下超过时间的加班费问题，我可以为您详细解答。

结论前置：在综合计算工时制度下，若员工在周期内的工作时间超过了法定标准工作时间，则超出部分应视为延长工作时间，用人单位需按照不低于劳动者本人小时工资150%的标准支付加班费。同时，若员工在法定节假日工作，无论周期内工作时间是否超标，用人单位都需按照不低于劳动者本人小时工资300%的标准支付加班费。

具体解释：

1. 综合计算工时制度：

   • 这是一种特殊的工作时间安排，它将一定周期（如月、季、年）内的总工作时间与标准工时进行对比，而非按日或小时单独核算。
   • 标准工时通常为每日8小时，每周40小时，月度约为167小时（具体根据月份天数和法定节假日调整）。

2. 超时加班费的计算：

   • 若员工在周期内的总工作时间超过了法定标准工作时间，超出部分即为延时加班，应支付加班费。
   • 加班费计算方式为：超时工时 × 时薪 × 150%。
   • 时薪的计算方法为：月工资 ÷ 月计薪天数（通常为21.75天）÷ 8小时。

3. 法定节假日加班费的计算：

   • 无论员工在周期内的总工作时间是否超标，只要其在法定节假日工作，都应支付加班费。
   • 加班费计算方式为：法定节假日工时 × 时薪 × 300%。

4. 示例：

   • 假设某员工月薪为5000元，月度周期实际出勤200小时，其中法定假日工作8小时。
   • 标准工时为167小时，超时工时为200 - 167 = 33小时。
   • 法定假日加班费为：5000 ÷ 21.75 × 300% × (8 ÷ 8) = 689.67元。
   • 延时加班费为：5000 ÷ 21.75 ÷ 8 × 150% × 33 = 1422.63元。
   • 总加班费为：689.67 + 1422.63 = 2112.30元。

注意事项：

• 用人单位需确保综合计算工时制度已经过劳动部门批准，否则应按照标准工时制度计算加班费。
• 每个计算周期结束后，工时重新累计，上月超时不累计至本月。
• 用人单位应保存考勤记录、排班表等，以避免争议。

综上所述，综合计算工时制度下超过时间的加班费计算需根据员工的实际工作时间、法定标准工作时间以及是否在法定节假日工作来确定。若您有更具体的情况或疑问，欢迎随时向我咨询。