针对您提出的“综合工时制每年2000个小时，超出加班费怎么算”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、综合工时制的基本概念
综合工时制是一种特殊的工时制度，它适用于因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，需在一段时间内连续作业的情况。这种制度以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间，确保在计算周期内，员工的总实际工作时间不超过该周期的法定标准工作时间。
二、法定工作时间标准
对于年综合工时制，法定标准工作时间通常为2000小时（这是基于250个工作日，每天8小时计算得出的，实际精确值为1999.68小时，但通常简化为2000小时）。若员工在综合计算周期内的实际工作时间超过这一标准，则超出部分视为加班。
三、超时加班费的计算标准
正常工作日超时工作：
- 当员工在综合计算周期内的实际工作时间超过法定标准工作时间时，超出部分视为延长工作时间。
- 用人单位应支付不低于劳动者本人小时工资150%的加班工资。
法定节假日工作：
- 无论员工在综合计算周期内的工作时间是否超过法定标准工作时间，只要在法定节假日工作，用人单位都应按照不低于劳动者本人小时工资300%的标准支付加班工资。
四、具体计算方法
确定小时工资：
- 小时工资 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数（通常为21.75天）÷ 8小时。
计算加班小时数：
- 统计员工在综合计算周期内的实际工作小时总数，然后减去该周期的法定标准工作时间（如2000小时），得出加班小时数。
计算加班工资：
- 根据加班小时数和小时工资，按照相应的比例（超时工作为150%，法定节假日为300%）计算出加班工资。
五、举例说明
假设某员工月工资为6000元，年综合工时制的计算周期为一年，实际工作了2200小时。
- 小时工资：6000元 ÷ 21.75天 ÷ 8小时 ≈ 34.48元/小时。
- 延长工作时间加班费：34.48元/小时 × 150% × (2200小时 - 2000小时) = 10344元。
- 若该员工在法定节假日也工作了10小时，则法定节假日加班费为：34.48元/小时 × 300% × 10小时 = 1034.4元。
六、注意事项
- 加班时长限制：虽然综合计算工时制允许在某一时段内超过标准工作时间，但月平均加班时间通常不得超过36小时，以保护劳动者的身心健康。
- 地域差异：各地对于综合计算工时制的具体规定和执行细节可能存在差异，实际操作中应以当地劳动法律法规为准。
- 合同约定：用人单位与劳动者在劳动合同中应明确约定工时制度和加班费的计算方式，以避免纠纷。
综上所述，综合工时制下超出法定工作时间的加班费计算需依据相关法律法规和具体约定进行。用人单位应严格遵守规定，确保员工的合法权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询。