在综合工时制下，当劳动者的工作时间超出法定标准时，其超出部分的工资计算需遵循特定的规定和标准。以下是对这一问题的详细解答：

一、加班工资计算基数

首先，我们需要明确加班工资的计算基数。这通常是劳动者本人小时工资，具体计算方式为：月工资收入除以月计薪天数（通常为21.75天）再除以8小时。这个基数是计算所有类型加班工资的基础。

二、加班工资支付标准

在综合工时制下，加班工资的支付标准根据加班时间的不同而有所区别：

1. 平时加班：

   • 在综合计算周期内，如果劳动者实际工作时间总数超过该周期法定标准工作时间总数，超出部分视为延长工作时间。
   • 用人单位应按不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资。例如，若以月为周期，超出的小时数乘以小时工资再乘以150%即为应支付的加班工资。

2. 休息日加班：

   • 在综合工时制下，周末工作应优先安排补休。
   • 若不能安排补休，则按照不低于劳动者本人小时工资标准的200%支付加班工资。这里的“休息日”是根据综合计算周期来确定的非工作日，而非固定的周六周日。

3. 法定节假日加班：

   • 无论综合计算周期内的总工作时间是否超过法定标准工作时间，只要劳动者在法定节假日工作，用人单位都应按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
   • 法定节假日的加班工资不能通过补休来替代。

三、加班时长限制

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工在正常工作周期以外的延长期限内工作的小时数，平均每月累计不得超过36小时。若超出此限制，用人单位需继续按照每小时150%的比例计算加班费，以确保劳动者的休息权益不受侵害。

四、综合计算周期内的总工作时间

虽然综合计算工时制允许某一具体日或某周的实际工作时间超过8小时或40小时，但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。例如，在年综合计算周期下，劳动者的标准年工时和可允许的加班小时数总和有明确的上限。

五、实例说明

假设某企业实行以季为周期的综合计算工时制，某季度该制度覆盖的员工总法定标准工作时间为496小时（假设该季度有62个工作日，每天8小时）。若某员工在该季度实际工作了550小时，则超出部分为54小时。这54小时应按照不低于其小时工资的150%支付加班工资。

六、注意事项

• 实行综合计算工时工作制需要经过劳动行政部门的审批。
• 用人单位应确保劳动者的休息休假权利得到保障，即使采用综合计算工时制，平均日工作时间和平均周工作时间也应与法定标准工作时间基本相同。
• 用人单位应建立健全的加班管理制度，合理安排工作时间，避免过度加班，以维护劳动者的身心健康和工作积极性。

综上所述，综合工时制下的加班工资计算是一个复杂而细致的过程，需要严格遵守相关法律法规的规定，确保劳动者的合法权益得到充分保障。