以年为周期综合计算工时工作制的加班费计算，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 工作日延长工时（即日加班）
   若劳动者在综合计算周期内的实际工作时间超过法定标准工作时间（如年总工时超过2000小时，按每日8小时、每周40小时、每年50周计算），超出部分视为延长工时，需支付150%的工资报酬。
   计算方式：

   • 超出工时 × 小时工资 × 150%
     
   • 示例：年总工时2100小时，超出100小时，小时工资50元，则加班费为100×50×1.5=7500元。

2. 休息日加班（即周加班）
   若劳动者在综合计算周期内的某一具体周或月内工作时间超过40小时，但年总工时未超法定标准，此时超出部分视为休息日加班，需支付200%的工资报酬或安排补休（优先补休）。
   计算方式：

   • 超出工时 × 小时工资 × 200%（若未补休）
     
   • 示例：某月工作180小时（标准160小时），超出20小时，小时工资50元，则加班费为20×50×2=2000元（或补休20小时）。

3. 法定节假日加班
   无论年总工时是否超标，法定节假日安排工作的，均需支付300%的工资报酬，且不得以补休替代。
   计算方式：

   • 法定节假日工时 × 小时工资 × 300%
     
   • 示例：春节加班3天（24小时），小时工资50元，则加班费为24×50×3=3600元。

关键前提与注意事项：

• 审批程序：企业需经劳动行政部门批准后，方可实行综合计算工时制，否则仍需按标准工时制支付加班费。
  
• 工时平衡：综合计算周期内（如1年）的总实际工时不得超过法定标准工时（2000小时），否则超出部分均按延长工时处理。
  
• 举证责任：劳动者需保留考勤记录、工资条等证据，以证明实际工作时间及加班事实。
  

建议：若企业未依法支付加班费，劳动者可先与企业协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如有具体案例或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。